6. Жители островов Мальта и Гоцо, как и в прошлом, будут свободно исполнять обряды римско-католической апостольской веры; они сохранят привилегии, которыми пользуются; не будет наложено никакой контрибуции.
Статья 7. Все гражданские законы, введенные при правлении ордена, сохраняют свою силу и будут соблюдаться».
Во исполнение статей, подписанных 12 июня (24 прериаля) представителями Французской республики и Мальтийского ордена, была достигнута договоренность о следующем:
«Статья I. Сегодня, 12 июня, форт Маноэль, форт Тиньи, замок святого Ангела, укрепления Бормолье, Коттонары и города Побед будут переданы в полдень французским войскам.
Статья II. Завтра, 13 июня, форт Риккацоли, замок св. Эльма, укрепления городов Валлетты, Флорианны и всех других будут переданы в полдень французским войскам.
Статья III. Сегодня, в 10 часов утра, французские офицеры явятся к великому магистру, чтобы получить у него приказы комендантам различных портов и укреплений, которые должны быть переданы французам. Их будут сопровождать мальтийские офицеры. Офицеров будет столько, сколько будет передано фортов.
Статья IV. Такие же меры, как означенные выше, будут приняты в отношении фортов и укреплений, подлежащих передаче французам завтра, 13 июня.
Статья V. Одновременно с передачей фортификационных сооружений будет осуществлена передача артиллерии, складов и документов инженерных войск.
Статья VI. Находящиеся на острове войска Мальтийского ордена смогут оставаться в занимаемых ими казармах впредь до иного распоряжения.
Статья VII. Адмирал, командующий французским флотом, назначит офицера, который примет сегодня корабли, галеры, суда, склады и прочее имущество военно-морского флота Мальтийского ордена».
Обнародование этого соглашения о капитуляции успокоило умы, положило конец мятежу и восстановило порядок. Наполеон написал епископу Мальты, чтобы успокоить священников, которые были сильно встревожены:
«Я с подлинным удовлетворением узнал, господин епископ, о вашем хорошем поведении и приеме, оказанном вами французским войскам при вступлении их в Знатный Город. Вы можете заверить ваш клир, что римско-католическая апостольская вера не только будет уважаться, но и что священникам этой религии будет оказываться особое покровительство… Я не знаю человека более почтенного и заслуживающего уважения, чем священник, который, проникшись подлинным духом Евангелия, уверен в том, что долг его требует послушания светской власти и поддержания мира, спокойствия и единения среди своей паствы… Я желаю, господин епископ, чтобы вы тотчас же явились в город Ла-Валлетту и своим влиянием поддержали порядок и спокойствие среди народа. Я сам отправлюсь туда сегодня вечером. Сразу же по прибытии моем в город вы представите мне всех священников и руководителей монашеских орденов… Будьте уверены, господин епископ, в моем желании дать вам доказательства уважения и почтения, которые я питаю к вашей особе».