1649 р., як свідчив московський посол, у церквах під час літургії поминали як самодержця Богдана Хмельницького і поруч з ним згадували і його сина Тимофія. Таким чином, уже на початку Національно-визвольної війни Богдан Хмельницький розглядав сина Тимофія як свого законного спадкоємця і саме йому прагнув передати у свій час гетьманську булаву. Тоді у Києві перебував єрусалимський патріарх Паїсій, який першим із православних патріархів палко підтримав Богдана Хмельницького і його справу (пізніше свою підтримку висловлять й інші православні патріархи, в першу чергу Вселенський (Константинопольський). Сам Паїсій називав Богдана Хмельницького «пресвітлим господарем» та «князем Русі», під час літургії прилюдно відпустив гріхи гетьману, причастив його і благословив на війну проти Речі Посполитої. Після Різдва Христового і різдвяних святок Паїсій дав благословення і на другий шлюб Богдана Хмельницького з Мотроною Чаплинською. Про останню мало що відомо. Вірогідно вона походила з дрібної православної шляхти, а потім вийшла заміж за сусіда Богдана Хмельницького – сумнозвісного Чаплинського, який претендував на родинний хутір майбутнього гетьмана – Суботів. Ще напередодні Національно-визвольної війни розгорівся конфлікт між Богданом Хмельницьким і Даніелем Чаплинським (за його спиною стояв магнат Олександр Конецпольський), який, власне, став приводом до самої війни. У той час спалахнуло кохання між Богданом Хмельницьким та Мотроною Чаплинською, яка віддала перевагу майбутньому гетьману. За деякими даними, Чаплинський під час нападу на Суботів начебто викрав Мотрону, але сам Хмельницький про це не згадував. Однак про неї часом писали, як про гомерівську «прекрасну Єлену», через яку спалахнула війна між греками й троянцями, а тут – між українцями та поляками. Але ця історія з її викраденням (якщо воно й було) не є причиною, хіба що тільки приводом до війни. Додамо, що нова дружина гетьмана відзначалася не тільки красою, але й користолюбством та легковажним норовом. Тиміш Хмельницький не сприйняв своєї мачухи і, мабуть, через це вступив у конфлікт з ченцем – посланцем патріарха Паїсія. За розповіддю посла Речі Посполитої Войцеха М’ясківського, гетьманич підпалив ченцю бороду.
Для узгодження питань перемир’я до Переяслава прибуває посольство Речі Посполитої на чолі з Адамом Киселем. Бурхливі переговори закінчилися Переяславською угодою 24 лютого 1649 р., за якою, зокрема, перемир’я продовжувалося майже до літа 1649 року. Посольство мало повертатися назад. У цей час Тиміш Хмельницький перебував у Переяславі. Його та переяславського полковника Андрія Романенка Богдан Хмельницький призначив «приставами» до посольства Речі Посполитої. До нашого часу дійшло два цікавих накази від 8.03 (26.02) 1649 р., виданих у Переяславі і підписаних обома «приставами», причому Тиміш підписався як чигиринський сотник. У першому з них від селян села Симонова вимагалося надати фураж (6 возів сіна) для Адама Киселя, а в другому – місцевого священика закликали не підбурювати