Bf.109 считается одним из лучших истребителей Второй мировой войны, он также не являлся безупречным и идеальным боевым самолетом. Вилли Мессершмитт создавал свой самолет, исходя из соображений минимальных размеров, веса и технологичности производства и обслуживания. Одним из следствий такого подхода стало, в частности, легкосъемное однолонжеронное крыло и шасси, крепящееся к центроплану фюзеляжа. Однако по мере ужесточения требований, необходимости установки более мощного двигателя и вооружения масса «пустого» самолета неуклонно возрастала, увеличившись с 1870 кг у «Эмиля» до 2,4–2,6 тонны у «Густава», а взлетный вес и вовсе перевалил за три тонны. Увеличение веса фактически на треть влекло за собой целый ряд последствий, негативно сказывающихся на эксплуатационных и боевых качествах. Так, шасси с узкой колеей, и без того делающее взлет и посадку непростой задачей, оказалось к тому же слишком слабым и служило причиной частых аварий. Однолонжеронное крыло, в котором пришлось дополнительно разместить радиаторы охлаждения, неудовлетворительно «работало на кручение», что делало самолет на высоких скоростях практически неуправляемым – причем этот недостаток отмечали даже советские испытатели еще на самолетах первых модификаций. оказавшихся в СССР. Специфика конструкции фюзеляжа не позволила кардинально изменить форму фонаря кабины, в итоге к концу войны Bf.109 оказался едва ли не единственным истребителем, сохранившим гаргрот и не обеспечивающим летчику удовлетворительный обзор задней полусферы. По тем же причинам – предельной компактности конструкции – не было возможности увеличения объема бензобаков, из чего следовал небольшой радиус действия, а необходимость использования подвесных баков не лучшим образом влияла на боевые качества. Изначально недостаточной была мощность вооружения. С одной стороны, комбинация из одной-двух пушек и пары пулеметов применялась и на других истребителях, в частности на советских истребителях Яковлева, но в отличие от истребителей ВВС РККА летчикам люфтваффе приходилось иметь дело с тяжелыми бомбардировщиками союзников. Эксперименты с вариантами вооружения приводили к появлению бесчисленного количества субмодификаций, а оборудование дополнительных огневых точек отрицательно влияло на нагрузку на крыло и аэродинамику. По мнению ряда немецких пилотов, уже поступивший на вооружение в 1942 году Bf.109G, превосходящий предыдущие модификации в скорости и огневой мощи, в то же время уступал им в управляемости и маневренности
Тем не менее «Мессершмитт» Bf.109 на протяжении всей войны являлся основным истребителем люфтваффе. На Bf.109 летало большинство лучших немецких асов («еxperte» – «экспертов», как их называли в люфтваффе) – Адольф Галанд (113 сбитых самолета противника), Вернер Мелдерс (115), Йоханес Штайнхофф (176), Ганс-Йоахим Марсей (158), Герхард Баркхорн (301), Гюнтер Ралль (275), Вальтер Новотны (258), Вильгельм Мориц (44), Хельмут Лент (113), а также самый результативный из летчиков-истребителей Второй мировой войны – кавалер Рыцарского креста с дубовыми листьями, мечами и бриллиантами Эрик Хартманн, на