За два года он был уже пятым начальником Разведуправления Красной Армии. В июне 1937 года Сталин заявил, что наша разведка нуждается в радикальной чистке, так как засорена врагами народа и иностранными шпионами. В результате были расстреляны один за другим начальники военной разведки: комкор С. П. Урицкий, армейский комиссар 2-го ранга Я. К. Берзин, комдив А. Г. Орлов и старший майор госбезопасности С. Г. Гендин. Были репрессированы начальники многих отделов и подразделений Разведуправления. Из-за границы было отозвано и расстреляно большое количество разведчиков, военных атташе и их помощников.
Проскуров начинает набирать новые кадры. Это было нелегко. Многие из приглашаемых на работу офицеров, зная о трагической судьбе своих предшественников, отказывались. Иван Иосифович уверял всех, что у него большие полномочия от самого Сталина. Но этим заявлениям мало кто верил. Все знали, что никакой очередной новый замнаркома не сможет противостоять произволу всесильного НКВД.
Тем не менее в 1939 и 1940 годах обстановка несколько улучшилась: репрессии в армии сократились, с трудом восстанавливались прерванные контакты с зарубежной агентурой. Проскуров в отличие от многих больших начальников не пытался выглядеть всезнающим, не считал для себя зазорным учиться у подчиненных, советоваться с немногими уцелевшими профессионалами. Но работать было трудно. В Советском Союзе, так же как и во многих других странах, имелись противоречия и постоянное соперничество между военной разведкой и другими спецслужбами. А если учесть, что во главе НКВД стоял опытный политический интриган Л. П. Берия, станет ясно, насколько сложным было положение Проскурова, который не являлся политической фигурой и не имел постоянного выхода на генсека. Если Берия бывал у Сталина почти ежедневно, то Проскуров за весь 1939 год посещал кабинет вождя всего 9 раз, а в 1940 году – лишь 4 раза[12].
Семья Проскурова проживала сначала в гостинице «Москва». Позже им была предоставлена квартира в Доме на набережной. В гости к Проскурову часто приходили друзья и товарищи, с которыми он воевал в Испании. Встречи были очень теплыми и радостными. Старшая дочь Ивана Иосифовича Лидия Ивановна вспоминает: «Думается, отец был личностью незаурядной: его любили и уважали. Умный, честный, отзывчивый, справедливый человек, он обладал большой выдержкой, высокой культурой. Я никогда не слышала, чтобы он повышал на кого-нибудь голос. Отец был очень аккуратным, подтянутым. Военная форма сидела на нем как влитая. Подворотнички к форменным рубашкам пришивал сам – курсантская привычка.
Отец был очень внимателен к семье, использовал любую возможность для занятий с нами – детьми. Он учил меня плавать, ездить на велосипеде, водить машину – да-да, несмотря на мой возраст (13–14 лет), всерьез. Покупал интересные книги. Хотел, чтобы мы больше бывали на выставках, в музеях, театре. Дважды я с отцом была в Кремле, в Георгиевском зале: на приеме по случаю возвращения папанинцев с Северного полюса и на заключительном концерте декады белорусского искусства,