1916 по декабрь 1917 г. В Красной гвардии с января 1918 г. В РККА с мая 1918 г. Окончил учебную команду при 81-й пехотной дивизии (1917), повторные командные курсы при штабе 24-й Самарской железной стрелковой дивизии в г. Винница (1921), Киевскую объединенную школу подготовки командиров им. С. С. Каменева, пехотное отделение (1927), курсы «Выстрел» (1937). В Первую мировую войну Я. Е. Тимошенко 15 мая 1916 г. мобилизован на военную службу и зачислен рядовым в запасной батальон в г. Рыбинск. В начале августа направлен на фронт. В ноябре зачислен в учебную команду при 81-й пехотной дивизии. 15 января 1917 г. окончил ее и направлен младшим унтер-офицером в 324-й пехотный Клязменский полк. В его составе служил взводным командиром, дослужился до старшего унтер-офицера. В апреле 1917 г. по болезни убыл в месячный отпуск, по его окончании в часть не вернулся. В июне арестован и вновь направлен в часть, где был разжалован и направлен в дивизионный госпиталь повозочным. В госпитале прослужил до декабря 1917 г., после чего демобилизован и вернулся на родину. В Гражданскую войну Я. Е. Тимошенко 6 января 1918 г. добровольно вступил в Красную гвардию и был избран пом. начальника 1-го Раснянского красногвардейского отряда Могилевской губ. В мае с отрядом переведен в 6-й Кромский полк, назначен командиром отделения. В декабре 1918 г. переведен в 212-й Московский полк 24-й Симбирской железной стрелковой дивизии. В полку занимал должности командира отделения, взвода, пом. командира и командира роты. Участвовал в боях против белоказаков генерала А. И. Дутова под Самарой, Симбирском, Оренбургом и Орском, колчаковских войск под Верхнеуральском, Уфой и на р. Белая. Весной 1920 г. дивизия переброшена на Западный фронт, вела бои с поляками в районах городов Речица, Луцк, Сокаль. После Советско-польской войны вела борьбу с петлюровцами в Подольской губ. В августе 1921 г. Я. Е. Тимошенко переведен командиром роты в 209-й стрелковый полк 70-й бригады этой же дивизии. В октябре – ноябре 1921 г. проходил подготовку на повторных командных курсах при штабе дивизии (дивизионная школа), по окончании оставлен в этой школе командиром взвода. С июля по сентябрь 1922 г. Я. Е. Тимошенко находился на 77-х Сумских пехотных курсах, по возвращению дивизию назначен командиром взвода 70-го стрелкового полка. С декабря 1923 г. проходил службу в 295-м стрелковом полку 44-й стрелковой дивизии УВО в должностях командира взвода и пом. командира роты. В сентябре 1925 г. направлен на учебу в Киевскую объединенную школу подготовки командиров им. С. С. Каменева (пехотное отделение), по окончании в сентябре 1927 г. назначен командиром взвода 99-го стрелкового полка 33-й стрелковой дивизии БВО. В декабре 1929 г. направлен в распоряжение штаба ОКДВА, по прибытии назначен в 119-й стрелковый полк 40-й стрелковой дивизии. В полку занимал должности командира взвода, хозяйственной роты, учебной роты. С апреля 1934 г. и. д. начальника штаба учебного батальона 120-го стрелкового полка этой же дивизии. С апреля по ноябрь 1935 г. в порядке стажировки был начальником штаба танкового батальона, по возвращении в полк и назначен командиром стрелкового батальона. С декабря 1936 по август 1937 г. капитан Я. Е. Тимошенко проходил подготовку
