МИ-6 получила информацию о нескольких десятках российских агентов за рубежом. После увольнения в конце 1999 года с военной службы Скрипаль продолжил сотрудничать с британской разведкой, для встреч с её представителями выезжал за границу – в Испанию, на Мальту и в Великобританию. По сообщению газеты The Times, он часто посещал Испанию для прохождения курсов реабилитации, и «MI6 купила ему дом для отдыха по системе таймшер рядом с Малагой, и ответственный сотрудник [британской разведки] летал туда каждые три дня на встречи, которые продолжались три-четыре часа. После каждой встречи Скрипалю выплачивался гонорар в размере от $5000 до 6000 наличными, которые он клал на банковский счёт в Испании».8
Установленная в России слежка за Скрипалём подтвердила, что подозреваемый общался с аккредитованными в Москве британскими дипломатами, а в Великобритании – с агентами секретной разведывательной службы «МИ-6». Скрипаль передавал британцам секретные сведения о российских военных объектах, среди них – о военном космодроме Плесецк в Архангельской области, в общей сложности около 20 тысяч совершенно секретных документов. Составляющие государственную тайну сведения, которые Скрипаль передавал британцам после увольнения с военной службы, он добывал через бывших сослуживцев. Свой интерес к засекреченным сведениям он объяснял желанием иметь инсайдерскую информацию для успешного ведения бизнеса.9 По данным следствия, Скрипаль нанёс существенный ущерб обороноспособности и безопасности России. На каждой конспиративной встрече, по данным ФСБ России, представители британской разведки за полученную информацию выплачивали Скрипалю денежное вознаграждение в иностранной валюте. Он также имел счёт в испанском банке, куда ему ежемесячно перечислялись денежные средства.
В ходе следствия Скрипаль признал себя виновным. Дал подробные показания о своей деятельности, что было учтено судом в качестве смягчающего обстоятельства при назначении наказания. 9 августа 2006 года Московский окружной военный суд вынес обвинительный приговор. Скрипаль был лишён всех званий и наград10 и осуждён на 13 лет лишения свободы в колонии строгого режима. Однако, 9 июля 2010 года президент России подписал указ о помиловании четырёх граждан России, в том числе и Скрипаля, удовлетворив их прошения о помиловании.11 Помилование произведено в рамках операции по обмену четырёх граждан России, осуждённых за шпионаж в пользу США и Великобритании и отбывающих наказание в России, на десятерых сотрудников российских спецслужб (граждан России), задержанных в США в июне 2010 года.12
После освобождения Скрипаль обосновался вместе с семьёй (женой, сыном и дочерью) на юго-западе Великобритании, в небольшом городке Солсбери, где также проживал завербовавший его ветеран британской разведки Миллер. В Великобритании Скрипаль читал лекции о российской военной разведке в МИ-6 и курсантам военных академий, а также давал консультации по военно-разведывательным вопросам.