2008 года Магнитский был арестован по обвинению в помощи главе фонда Уильяму Брудеру в уклонении от уплаты налогов. Инициировал дело подполковник милиции Артем Кузнецов, в отношении которого позже проводилась проверка в департаменте собственной безопасности МВД РФ, а расследование вел майор Павел Карпов. Согласно документам, представленным руководством компании Firestone Duncan, семья милиционера А. К. Кузнецова со скромной зарплатой 45 тысяч рублей ежемесячно за три года с 2005 по 2008 г. потратила более 3 миллионов долларов, а семья П. А. Карпова более $1 млн. Кузнецов ранее служил в Управлении по налоговым преступлениям ГУВД Москвы, а с начала 2010 года перешел в Департамент экономической безопасности (ДЭБ) МВД, получив повышение.
Как сообщало Интернет-агентство «Lenta.ru», уже упоминавшийся коллега Магнитского Джемисон Файрстоун собрал и направил в Департамент собственной безопасности МВД документы о том, что в январе 2007 года мать милиционера Лилия Кузнецова купила квартиру в элитном жилом комплексе в Москве за 1,64 миллиона долларов, а в ноябре его отец Константин Шавердян купил еще одну квартиру за 990 тысяч долларов. В августе и ноябре 2007 года в Ногинском районе Подмосковья мать Кузнецова приобрела земельные участки общей площадью 5 тысяч квадратных метров. В 2007 году 59-летняя Лилия Кузнецова обзавелась автомобилем Land Rover Freelander 2 за 65 тысяч долларов. Жена Кузнецова Нина Никифорова купила в 2008 году две машины: кабриолет Mercedes-Benz SLK за 81 тысячу
Коллеги Магнитского также выяснили, что Кузнецов неоднократно выезжал за рубеж. Согласно реестру Федеральной погранслужбы, с 2006 года скромный подполковник МВД Кузнецов посетил Лондон, Рим, Ларнаку, Дубай и Милан. 29 декабря 2006 года он вылетел в Гавану и вернулся 16 января 2007 года, а 28 декабря 2007 года отправился в Париж, откуда вернулся 20 января 2008 года. Кроме того, в апреле 2007 года он вылетал из Внуково на Кипр на частном самолете. Файрстоун подготовил обращения с просьбой проверить источники обогащения семьи подполковника Кузнецова к президенту РФ Дмитрию Медведеву, генпрокурору Юрию Чайке, а также в ДСБ и Управление организации профилактики коррупционных и иных правонарушений Департамента кадрового обеспечения МВД. Судя по материалам на сайте «Остановить неприкасаемых!», жалобы были направлены 21 мая 2010 г., ответов на них так и не поступило.
В начале декабря 2007 года юристы Hermitage Capital подали заявления о возбуждении уголовного дела по факту хищения компаний фонда и причастности к этому преступлению Кузнецова и Карпова. Но уже под конец 2007 года те самые компании обратились за возвратом налогов за 2006 год на сумму 5,4 миллиарда рублей. За несколько дней возврат налогов был одобрен, и бюджетные деньги ушли на счета в коммерческих банках. Летом 2008 года Магнитский дал первые показания по делу о перерегистрации компаний, еще не зная о хищении 5,4 миллиарда рублей из российского бюджета. Тем временем Кузнецова назначили в следственную группу по расследованию хищения компаний Hermitage Capital. После того, как Магнитский обнаружил доказательства хищения госсредств, фонд подал новые жалобы на имя главы