президент Чечни Ахмад Кадыров и председатель ГосСовета Хусейн Исаев, тяжело ранен командующий оккупационной группировкой войск генерал Валерий Баранов.
22 июня 2004 в ходе нападения боевиков на Ингушетию погибло 88 человек.
В июле 2004 подписал закон «О государственной гражданской службе РФ», согласно которому полностью и на неопределенный срок сохраняются льготы и привилегии для государственных чиновников и членов их семей. В начале августа 2004 администрация президента провела через Государственную Думу закон об отмене льгот для других категорий населения с неполной и неэквивалентной заменой некоторых из них на денежные выплаты («Закон № 122 известный также как «закон о монетизации льгот»).
21 августа 2004 при нападении боевиков на Грозный погибло 78 человек.
В ночь с 24 на 25 августа 2004 террористы-смертники взорвали два пассажирских самолета, вылетевших из Москвы, погибло 89 человек.
31 августа 2004 при взрыве у станции метро «Рижская» в Москве погибли 10 человек.
Не менее 338 человек (из них 186 – дети) стали жертвами захвата школы в Беслане чеченскими террористами 1 – 3 сентября 2004.
13 сентября 2004 на расширенном заседании правительства Путин, ссылаясь на необходимость усиления борьбы с терроризмом, заявил, что высшие должностные лица регионов России должны избираться Законодательными собраниями по представлению президента и что выборы депутатов Госдумы необходимо проводить только по партийным спискам.
12 декабря 2004 подписал закон об избрании глав субъектов РФ региональными парламентами по представлению президента РФ – закон отменяет прежний порядок прямого избрания глав субъектов федерации населением.
В апреле 2005 г., находясь с визитом в Германии, сообщил, что не планирует выдвигать свою кандидатуру на пост президента России в 2008 году: «Я не буду менять основной закон. По конституции нельзя избираться три раза подряд».
При этом отметил, что избираться в третий раз не подряд российская конституция не запрещает: «Правда, не уверен, что я этого захочу».
12 сентября 2007 отправил в отставку правительство Михаила Фрадкова. 14 сентября, получив согласие Государственной Думы, назначил председателем правительства Виктора Зубкова. Неоднократно говорил, что на третий президентский срок не пойдет, поскольку чтит действующую Конституцию и считает неправильным пересматривать ее «под конкретного человека».
1 октября 2007 согласился возглавить список партии «Единая Россия» на декабрьских выборах в Госдуму.
10 декабря 2007 принял лидеров четырех партий – «Единой России», «Справедливой России», АПР и «Гражданской силы» – и согласился с их предложением поддержать кандидатуру Дмитрия Медведева на президентских выборах-2008.
На съезде «Единой России» 17 декабря 2007 принял предложение Дмитрия Медведева в случае избрания последнего президентом занять пост председателя правительства.
7 мая 2008 года Путин с себя президентские полномочия, одновременно став председателем партии «Единая Россия».
На