храм Илии Пророка был разграблен. В 1620-х годах церковь числится уже приходской. Территория монастыря была передана Новгородскому Софийскому дому, у которого к востоку от церкви находилось подворье. Отсюда другое название храма – на бывшем Новгородском подворье. В 1676 году случился очередной пожар, который повредил церковь. Согласно документам, в начале XVIII века храм состоял уже из двух частей – верхней (Ильинской) и нижней (Тимофеевской) церквей, причем новый четверик был надстроен поверх старых стен. Примерно в это же время у храма появляется колокольня над Святыми воротами подворья. Кстати сказать, три патриарха Московских – Никон, Питирим и Иоаким – до избрания на патриаршество были Новгородскими митрополитами. Приезжая в Москву, они жили на Новгородском подворье и служили литургии в Ильинской церкви.
При Петре I в подворье селились иностранные послы и даже шведские пленники. Сам первый российский император навещал в Софийском доме своего сподвижника архиепископа Феодосия Яновского. В XVIII веке большую часть прихожан составляли синодальные певчие из соседней Певческой слободы – единственной в Китай-городе. В 1730-х годах церковь Илии Пророка получает новое завершение с изящной барочной главкой на барабане. В 1771 году в Москве свирепствовала чума, унесшая жизни многих прихожан Ильинской церкви, в том числе и священника с семьей. Служить стало некому, и храм закрыли до окончания морового поветрия.
После разрушительного пожара 1812 года восстановительными работами в Новгородском подворье занимался архитектор О.И. Бове. Немалый вклад в возрождение церкви Илии Пророка внес купец Илья Якимов. В алтаре храма сохранилась памятная доска с надписью: «Помяни Господи Императора Александра, графа Алексея и князя Димитрия». Она была установлена Анной Орловой-Чесменской – единственной дочерью графа А.Г. Орлова-Чесменского, – которая являлась главным благоукрасителем и жертвователем Ильинского храма. В 1864 году церковь и колокольня были встроены в комплекс Теплых торговых рядов, возведенных архитектором А.С. Никитиным. При этом, кроме храма Илии Пророка, на бывшем Новгородском подворье не осталось ни одного каменного строения. Церковь подверглась реконструкции: фасады получили обработку середины XIX века, окна апсид были расширены, а в западной стене пробили два оконных проема. Подклет храма стали использовать в качестве торговых помещений.
После Октябрьской революции храм Илии Пророка закрыли. В 1923 году были сняты кресты и разобран верхний ярус четырехъярусной колокольни. С 1930-х годов здание церкви занимал транспортный отдел Метростроя, а потом – Государственный комитет по делам издательств, полиграфии и книжной торговли. Многие москвичи еще помнят, что в 1980-х годах в нижнем этаже храма размещались фотоателье и лавка фотосувениров. В Теплых торговых рядах в советское время были коммунальные квартиры. В 1995 году богослужения в церкви Илии Пророка возобновились. Через два года храм едва не снесли из-за реконструкции Теплых торговых рядов. Только самоотверженность и мужество духовенства и прихожан спасли Ильинскую церковь