Гальдер был вынужден признать, что его оценка ситуации была ошибочной, а его непосредственный начальник генерал-фельдмаршал фон Браухич, взяв на себя ответственность за все ошибки, подал в отставку. 19 декабря 1941 года Гитлер принял отставку Браухича. Однако фюрер решил никого не назначать на вакантный пост и объявил себя еще и главнокомандующим сухопутными войсками (в дополнение к посту Верховного главнокомандующего вермахтом). С этого момента Гальдер уже де-юре стал подчиняться непосредственно Гитлеру, став его первым и ближайшим помощником по руководству военными операциями на советско-германском фронте.
Уходя в отставку, Браухич объявил Гальдеру, что освобождает его от обещания также оставить пост: такой договоренности они достигли несколько раньше, причем по инициативе именно Гальдера, который таким образом уже изначально планировал свою возможную отставку как крупный акт протеста. Но получилось так, что даже в общем-то не очень решительный Браухич оказался более принципиальным, чем неоднократно заявлявший о своем неприятии нацистского режима Франц Гальдер. В это же время, в связи с отставкой Браухича, а также расширением войны и изменением ситуации на фронте, Гитлер несколько перестроил управление вооруженными силами. За Гальдером осталось планирование и осуществление операций на советско-германском фронте, все остальные фронты – за Верховным командованием вермахта. Кроме того, Гитлер, приняв на себя обязанности главнокомандующего сухопутными войсками, не мог в полной мере исполнять его функции, прежде всего в отношении тех аспектов ОКХ, которые не имели непосредственного отношения к оперативному руководству войсками. Эти задачи фактически теперь были переданы ОКВ, и Гальдер, таким образом, утратил контроль за ОКХ, на которое мог ранее оказывать влияние через Браухича. Подобное усиление ОКВ имело также целью освободить начальника Генштаба от несвойственных ему функций и дать ему возможность полностью сконцентрироваться на военных операциях на Востоке.
После войны Гальдер, отстаивая честь мундира, постоянно подчеркивал, что противился «авантюрным» планам Гитлера. Реальная ситуация была несколько другой: когда Гальдер стал говорить о некомпетентности Браухича – тот уже был в отставке и не мог ответить на обвинения, затем – и это самое главное – он фактически полностью воспринял методы руководства и главные направления общей стратегии Гитлера на Востоке. Вслед за Гитлером он категорически отвергал просьбы командующих войсками об отступлении или переходе в оборону. Лишь в начале 1942 года он на совещаниях в Ставке некоторое время выступал за переход на Востоке к «стратегической обороне», но довольно скоро изменил свою точку зрения и взялся за разработку планов новых наступлений – как того и требовал Гитлер. Дальше этих слабых попыток столь разрекламированное Гальдером после войны «противодействие» не пошло, мало того – Генштаб даже не стал тратить время на разработку детальных оперативных планов этой самой «стратегической обороны».
В