различных изданиях прошла серия публикаций статей ученых о подземной Москве: И.Е. Забелина «Подземные хранилища Московского Кремля», где он приводил донесение Конона Осипова; Н.П. Лихачева «Царская библиотека в XVI столетии»; А.И. Соболевского «Библиотека и архив Ивана Грозного», «Подземные палаты московских царей» и другие. Все эти авторы считали необходимым начать раскопки в Кремле в поисках библиотеки Ивана Грозного или его архива, директор Исторического музея Н.С. Щербатов получил разрешение на раскопки, была заложена траншея между Благовещенским и Архангельским соборами, обнаружены каменные стены древней кладки, но тайника там не было; под Арсенальной башней нашли начало подземного хода, дальнейшие же раскопки прекратили, так как кончились отпущенные на них средства.
Но среди ученых единого мнения не было: если И.Е. Забелин полагал, что библиотека погибла, то ученый-архивист, сотрудник Главного архива министерства иностранных дел С.А. Белокуров вообще отрицал ее существование. В 1894 г. он вступил в полемику. После появления статей И.Е. Забелина и А.И. Соболевского, вспоминал он впоследствии, «я счел нелишним напечатать в «Московских ведомостях» свое мнение по этому вопросу (статья «О библиотеке и архиве царя Ивана IV»), именно, что в Московском Кремле род землей нет ни библиотеки, ни архива царских XVI века. Моя статья не убедила г. Соболевского в ошибочности его мнения, и ответ свой он поместил в одном из №№ «Нового времени». Между нами завязалась полемика, принявшая такой тон, который заставил желать возможно скорого ее прекращения. С тем большею охотою я привел, в исполнение это свое желание, что вполне убедился в бесполезности полемики для выяснения затронутых вопросов. Принятый г. Соболевским тон мешал спокойному обсуждению предмета речи; а обнаруженные им в статьях познания не давали надежды узнать что-либо новое касательно библиотеки или архива царских XVI века. Вместо полемических статей нашел я более полезным написать особое исследование о спорных вопросах».
В 1898 г. С. А. Белокуров опубликовал обширное исследование «О библиотеке московских государей в XVI столетии», в котором подвел итог всем своим предыдущим изысканиям и полемике с оппонентами.
Его вывод был однозначен.
«Из всего изложенного я позволю себе сделать следующие выводы:
1. Мы не имеем ни одного современного русского свидетельства о существовании в XVI в. царской библиотеки, состоящей из громадного количества иноязычных рукописей (греческих, латинских и еврейских).
2. Свидетельство хроники Ниенштедта по многим причинам весьма сомнительно и не может быть принято.
3. Список профессора Дабелова – поддельный.
4. У царя Ивана IV была библиотека, состоявшая из русских, литовских, польских и 1 немецкой книг и рукописей, в коей могло быть (прямых указаний на это нет) и несколько греческих рукописей, но 600 греческих, латинских и еврейских рукописей в ней не было, и
5. В Московском Кремле под землей