Март 1924 года – начальник и комиссар учебного отряда Морских Сил Балтийского моря. Октябрь 1924 года – комендант и комиссар приморской крепости Севастополь. Октябрь 1925 года – Начальник Береговой обороны Чёрного моря с оставлением в должности коменданта крепости Севастополь. В декабре 1926 года откомандирован в Ленинград для учёбы на Курсах усовершенствования высшего начальствующего состава при Военно-морской академии (КУВНАС). В ноябре 1927 года – командующий Береговой обороной Балтийского моря и комендант Кронштадтской крепости. В качестве коменданта занимался модернизацией вооружения фортов Тотлебен и Обручев и батареи Серая Лошадь, а также формированием и боевой подготовкой 5-го морского железнодорожного артиллерийского дивизиона. В марте 1932 года – командующий Береговой обороной Дальнего Востока. Занимался устройством и формированием артиллерийских батарей в районе Владивостока. В октябре 1932 года предложил создать пулемётную оборону побережья и построить на наиболее десантоопасных участках побережья ДОТы и орудийные полукапониры. В мае 1933 года – комендант и комиссар Владивостокского укрепрайона. Фактически исполнял обязанности помощника командующего Морских Сил Дальнего Востока по вопросам береговой обороны. В 1935 году присвоено персональное воинское звание комдив. В 1936 году за заслуги в укреплении обороноспособности Дальнего Востока награждён орденом Красной Звезды, а в 1938 году медалью «XX лет РККА». В декабре 1937 года – снят с должности комиссара укрепрайона, сохранив за собой должность коменданта. В апреле 1938 года – арестован. В октябре 1939 года освобожден по ходатайству наркома РККФ Н. Г. Кузнецова, восстановлен в кадрах РККФ и назначен комендантом Северного укрепленного района Балтийского флота. В июне 1940 года – Генерал-майор береговой службы, комендант сектора береговой обороны военно-морской базы Ханко и временно исполняющий должность командира базы. В мае 1941 года – комендант Береговой обороны Прибалтийской военно-морской базы. С начала войны возглавлял силы, задействованные в обороне Рижского залива и Моонзунда. «Командир береговой обороны Балтийского района, он же комендант всех островов, или, как мы его величали в телеграммах, «К-р БОБР», генерал-майор А.Б. Елисеев – старый балтийский матрос-большевик вместе с бригадным комиссаром Г.Ф. Зайцевым вложили много энергии, чтобы подготовить достойный отпор врагу. Их труд не пропал даром – каждый остров превратился в могучую крепость. Большую помощь оказывал им начальник политотдела полковой комиссар Л. Е. Концов (Пантелеев Ю. А. Полвека на флоте).» С 29 июня 1941 года – комендант вновь созданной Береговой обороны Балтийского района (БОБР) со штабом в г. Аренсбург (Куресааре), которая объединила оборону всех Моонзундских островов с задачей не допустить высадки морских десантов с западного направления и германского судоходства в Рижском заливе. 8 августа – 4 сентября 1941 года участвовал в организации налетов авиации Балтфлота на Берлин с аэродромов, расположенных на о-ве Эзель. Награжден
