Лама начал учиться чтению и письму у своего отца и других наставников в возрасте 7 лет, хотя позже его родители говорили, что он уже умел это все без чьей-либо помощи. В 9 лет его посвятил в монахи Тричен Гендун Дракпа, настоятель монастыря Чоне Гунчен. Следуя примеру мудрецов, таких как Чже Цонгкапа, живших столетиями ранее, в возрасте 21 года Чоне Лама отправился в столицу Лхасы, чтобы углубить свои знания в одном из монастырей «Великой тройки». В том же году он поступил в монастырь Сэра и начал свое обучение под руководством Таши Пелсанг. Одним из первых заданий Чоне Ламы – как и сейчас для монахов монастыря Сера – стало выучить наизусть «Драгоценность осознаний» Лорда Майтреи и Мастера Асанги, а также «Вступая на Срединный путь» Мастера Чандракирти. Эти две книги дали ему прочный фундамент понимания учений о пустоте в изложении двух ветвей школы Срединного пути. Говорят, что в течение десяти напряженных лет он редко спал на протяжении целой ночи, впитывая в себя теорию «Двух мужей». Чоне Лама рано ступил на площадку дебатов – опять же, как и по сей день поступает каждый молодой монах – и посвятил себя тому, что известно под названием «Коллекция вопросов по логике и теории восприятия». В своей автобиографии он отзывается о тех годах: «Изучая эти темы, я схватывал их налету. Я думаю, что это, должно быть, были семена из моих прошлых жизней», – и это, похоже, относится к большей части его жизненного пути и к его литературным произведениям. Далее он рассказывает об источнике этих «Вопросов», которым является книга «Комментарии к достоверному восприятию» Мастера Дхармакирти. Из превосходных комментариев Чоне Ламы к ней и из его ранней биографии мы знаем, что Чоне Лама также в совершенстве овладел предметом Высшего знания (Абхидхарма), Обетами нравственности (Виная) и таким образом завершил пять традиционных курсов обучения в рамках программы геше («мастер буддизма»), а в возрасте 30 лет с отличием сдал экзамены, дебатируя с 20 000 монахов, собравшихся в Лхасе. В следующем 1706 году он отправился в провинцию Цанг на северо-западе от Лхасы, где получил свое полное монашеское посвящение. В те времена было принято, что монахи находились в послушниках дольше, нежели сейчас, что, возможно, неплохая традиция, дающая людям больше времени на размышления прежде, чем принять окончательные обеты. Затем он поступил в тантрический колледж Гьюту, один из двух крупнейших монастырей в традиции Чже Цонгкапы, посвященный изучению и практике высших, тайных учений буддизма[4].
Снова следуя примеру многих великих учителей, Чоне Лама после окончания учебы отправился обратно в свою родную провинцию, чтобы поделиться тем, чему он научился. Он привлек внимание государственного наставника провинции Гуоши Нангсо Йеше, который в то время учреждал философский институт при монастыре Чоне. Они стали работать вместе и, когда строительство было завершено в 1714 году, Чоне Лама стал первым руководителем этого учебного заведения. Из нескольких его текстов известно, что Гуоши продолжал поддерживать и поощрять работу Чоне Ламы