несмотря на плохие метеоусловия, произвели 1563 боевых вылета, уничтожив бомбово-штурмовыми ударами 106 вражеских танков, 508 автомашин с войсками и грузами, 30 бронетранспортёров, 20 самоходных артиллерийских установок, 6 цистерн с горючим, 65 батарей полевой артиллерии, 6 батарей зенитной артиллерии и до 5500 солдат и офицеров вермахта. Гвардии полковник С. Д. Прутков во время операции находился в штабе 2-го танкового корпуса и руководил действиями своей дивизии с его командного пункта. Вместе с танкистами Степан Дмитриевич прошёл с боями около 200 километров от Гумбиннена до Кёнигсберга. За блестяще проведённую операцию гвардии полковник С. Д. Прутков был награждён орденом Кутузова I степени, став самым молодым в истории кавалером этого ордена. В дальнейшем С. Д. Прутков участвовал в штурме Кёнигсберга и разгроме Земландской группировки противника. За умелое руководство подразделением Степану Дмитриевичу в апреле 1945 года было присвоено звание генерал-майора авиации. На завершающем этапе войны он руководил действиями своей дивизии по овладению городом-крепостью Пиллау. За время войны комдив Прутков был 23 раза упомянут в благодарственных в приказах Верховного Главнокомандующего. После войны С. Д. Прутков продолжал командовать своей дивизией. В сентябре 1946 года он назначен заместителем начальника Липецких высших офицерских летно-тактических курсов усовершенствования командиров частей ВВС. С декабря 1947 года – слушатель Высшей военной академии имени К. Е. Ворошилова. В сентябре 1949 года окончил её с золотой медалью и был зачислен в распоряжение 2-го Главного управления Генерального штаба Вооружённых сил СССР. До июля 1951 года находился в командировке в КНР в должности старшего военного советника ВВС. После возвращения в СССР назначен начальником управления подготовки лётного состава и заместителем Главкома ВВС по вузам. С мая 1953 года был начальником Управления вузов ВВС, с марта 1957 года – командующим ВВС Северо-Кавкакзского военного округа, с августа 1959 года – командующим 57-й воздушной армией Прикарпатского военного округа и членом Военного совета округа. С. Д. Прутков также активно участвовал в общественной жизни страны. Он избирался депутатом Верховного Совета Украинской ССР, в качестве делегата участвовал в работе XXII съезда КПСС. В октябре 1964 года переведен на должность начальника командного факультета Краснознаменной Военно-воздушной академии. 31 декабря 1971 года в звании генерал-лейтенанта уволен в отставку. Жил в городе Москве. Скончался 10 апреля 1978 года, похоронен на Кунцевском кладбище столицы. Воинские звания: полковник; генерал-майор авиации (20.04.1945); генерал-лейтенант авиации (08.08.1953). Награды СССР медаль «Золотая Звезда» (01.05.1943); 2 ордена Ленина (23.10.1942; 01.05.1943); 4 ордена Красного Знамени (20.04.1942; 07.07.1944; 13.05.1945; 26.10.1955); орден Кутузова 1-й степени (19.04.1945); орден Суворова 2-й степени (16.05.1944); орден Александра Невского (30.03.1944); орден Отечественной войны 1-й степени (08.10.1943); орден Красной Звезды (15.11.1950); медаль «За боевые заслуги» (03.11.1944); медаль «За оборону Ленинграда» (21.03.1945); медаль «За оборону Сталинграда»
