20 сентября (2 октября нового стиля) 1882 года в уездном городе Златоусте Уфимской губернии, на Южном Урале. Своих предков он не знал. По рассказам, его дед по линии отца был из донских казаков. Отец, Михаил Петрович, родился в 1837 году, окончил Новочеркасское городское училище. Но когда ему исполнилось 15 лет, старший Шапошников выписался из казаков и переехал на житье в город Саранск. Там Михаил Петрович начал службу писцом в одном из городских учреждений.
В 1869 году семья Шапошниковых переехала в Уфимскую губернию. Михаил Петрович поступил на службу к купцу Ф. А. Злоказову, который вместе со своими двумя братьями был владельцем торгового дома, суконной фабрики в Екатеринбурге, пароходов на Тоболе и Иртыше, а также права торговли спиртными напитками в своем регионе. Кроме того, в личной собственности Федора Алексеевича имелся еще один, Петропавловский, завод, находившийся в Златоустовском уезде, при слиянии рек Ай и Арша. Михаил Петрович был назначен управляющим эти заводом с окладом 100 рублей в месяц. Такое жалование в то время считалось вполне приличным, и на накопленные три тысячи рублей семья смогла купить дом в Златоусте.
Совсем недавно сотрудники архива г. Златоуста обнаружили запись о рождении будущего маршала в метрической книге Христорождественской церкви Кусинского завода. В ней указано: «20 сентября 1882 года у мещанина Пензенской губернии города Саранска Михаила Петрова Шапошникова и его законной жены Пелагеи Косьминой (Ледомской) родился сын Борис». Пелагея была третьей женой Михаила Шапошникова (они поженились в 1881 году: жениху было – 44, а невесте – 23 года). От первого брака у него осталось трое детей. Младшая дочь Валентина и стала крестной своего брата Бориса.
Со временем социальное положение Михаила Петровича начало меняться – подрастали сыновья хозяина и тот стремился приставить их к делу. В 1894 году один из них взял Петропавловский завод под свое управление, а Шапошникова перевели заведующим казенным винным складом. И хотя оклад ему был оставлен прежний, но продолжительность рабочего дня была увеличена до 18 часов. Не выдержав напряжения или по иным причинам, Михаил Петрович был вынужден оставить службу. В это время Борису едва исполнилось 14 лет.
В 1986 году семья Шапошниковых, оставив служебную квартиру на Петропавловском заводе, переехала в Златоуст. Вскоре Михаилу Петровичу было предложено место заведующего винным складом на Симском заводе Уфимской губернии. Там он и проработал до 1900 года.
Мать Бориса, Пелагея Кузьминична Ледомская, 1858 года рождения, по утверждению некоторых историков, по своему происхождению была из польских дворян, высланных на Урал русским правительством после восстания 1864 года. Ее отец служил в Уфе секретарем дворянской опеки, но умер очень рано. После смерти отца Палагея Кузьминична работала учительницей. Она была третьей женой Михаила Петровича и вышла за него замуж в 1881 году из-за бедности, когда он уже имел от первого брака сыновей Виктора, Александра, Николая и дочь Валентину. От второго брака детей