Для изучения его методов приезжали и другие важные берлинские чиновники, и покидали они Вену под таким же глубоким впечатлением. Никогда прежде его звезда не сияла так ярко, как в эти дни в Вене.
Затем, после того как в марте 1939 года нацисты захватили Чехословакию, Эйхман перенес свою деятельность в Прагу. Комбинация устрашения и организованной эмиграции и тут имела не меньший успех, Эйхман оставался в Праге до конца 1939 года.
С началом Второй мировой войны и вторжением Гитлера в Польшу программа принудительной эмиграции была сразу же приостановлена. Отныне участью евреев должно было стать их физическое уничтожение, что, однако, рвения Эйхмана ничуть не убавило. Захватив Польшу, нацисты «приобрели» в конечном итоге еще три с половиной миллиона евреев, ликвидацию которых, как полагал Эйхман, поручат ему. Когда немецкие военные части занялись массовыми убийствами и провели на местах несколько нескоординированных между собой зверских акций уничтожения, Эйхман и Гейдрих посчитали такой подход чрезмерно упрощенным и неэффективным. Следовало разработать более рациональные и радикальные методы. Но пора «окончательного решения» еврейского вопроса еще не наступила. Прежде следовало заняться другим. Опьяненное успехами руководство нацистов объявило районы Польши, примыкающие к границе рейха, неотъемлемой частью Германии. Соответственно, было решено заменить местное население: этнические немцы Польши перемешались в пограничные районы, в то время как жившие там евреи вместе с большинством местных поляков и цыганами переселялись на восток. Руководить операцией было поручено Эйхману, и скоро сотни тысяч поляков, евреев и цыган согнали со своих мест и насильственно направили в восточную часть страны, в то время как фольксдойчей в значительно более комфортной обстановке перевозили из Центральной Польши и прибалтийских стран на освобожденные для них Эйхманом хутора и фермы.
Евреи были, таким образом, согнаны в гетто в Центральной Польше ожидать своей участи, но против всевластия СС на подведомственной ему территории, как ни странно, выступил генерал-губернатор Ганс Франк (Польша отныне называлась генерал-губернаторством). Не питая ни к полякам, ни к евреям никаких теплых чувств, к Гиммлеру и к Гейдриху Франк относился с презрением и неприязнью и не потерпел бы положения, при котором в его владениях хозяйничали их подчиненные. Борьба с ними заняла у Франка немало времени, но он был достаточно настойчив и близок к Гитлеру, чтобы держать Гейдриха и Эйхмана на почтительном расстоянии, а потом и вовсе от них отделаться. В результате Эйхман лишился шанса отправить в лагеря смерти три с половиной миллиона польских евреев как раз в тот момент, когда газовые камеры и крематории были построены и готовы были принять их. Это задание выполнили другие.
В январе 1940 года Эйхман переехал в Берлин и занял должность