В первом классе он остался на второй год, потому что слабо знал русский язык. В протоколе заседаний педагогического совета гимназии за первое полугодие 1889/99 учебного года отмечено, что Феликс Дзержинский за поведение получил удовлетворительную оценку. Наибольших успехов юноша достиг в изучении латинского, немецкого и французского языков, истории и в гимнастике, которой обучал его поручик 106-го Уфимского полка Сацукевич, оценивший успехи своего ученика как хорошие и удовлетворительные. Зато по Закону Божьему Феликс выдержал устное испытание на «отлично»18.
Данное обстоятельство можно объяснить тем, что в родном доме и в гимназии его старались воспитывать в духе строгого католицизма и польского патриотизма. Это было не сложно, потому что в то время в Вильно, по всей Литве и Белоруссии царскими жандармами, чиновниками и учителями преследовалось все польское и католическое. Вполне естественно, это вызывало протест среди молодого поколения, своими глазами не видевшего виселиц Муравьева-Вешателя, но знавших это по рассказам матерей и живо чувствовавших на каждом шагу свое бессилие. Именно в эти годы Феликс мечтал найти шапку-невидимку, чтобы «уничтожить всех москалей». Но прошло несколько лет, и он стал интернационалистом, выступив вместе с русскими против самодержавия.
Для Дзержинского лучшей школой стала сама жизнь. По мере взросления менялись взгляды молодого человека. Он не только перестал призывать к борьбе с русскими, но и не стал ксёндзом, хотя в 1896 г. говорил, что если пойму, что нет Бога, то пущу себе пулю в лоб. Но через два года стал убежденным атеистом.
Стремление к движению «не по воле волн», не по желанию родных и близких, а найти свой путь, во многом вопреки устоявшимся суждениям, определило его дальнейшую судьбу. Так, нежелание продолжить образование, досрочный уход из гимназии в рабочее движение не дали ему возможность пройти полный курс обучения, получить даже среднее образование. Отметим, что в последующем в анкетах он писал, что имеет таковое. В свидетельстве о выходе из гимназии отмечалось, что «предъявитель сего ученик восьмого класса Первой Виленской гимназии Дзержинский Феликс, имеющий от роду 18 лет, сын дворянина, в вероисповедании римско-католическом, поступил в гимназию из домашнего воспитания в августе 1887 г. в 1-й класс. В бытность свою по VIII класс Виленской гимназии поведения был отличного и оказал при удовлетворительном внимании, удовлетворительных успехах, удовлетворительном прилежании следующие успехи в науке…»19.
О том, что означало слово «удовлетворительно» за успехи, внимание и прилежание, видно из свидетельства об окончании Феликсом семи классов гимназии. В свидетельстве стояли следующие оценки: одна четверка (по Закону Божьему), две двойки (по русскому и греческому языкам), остальные – тройки.
Недостаток базового образования, безусловно, сказывался в дальнейшем, и Дзержинский стремился устранить его постоянной учёбой, самообразованием, опираясь на знания, полученные в 1-й Виленской мужской гимназии.