Федор Щербина на основании архивных материалов пришел к выводу, что родным отцом Михаила Стадухина был запорожский казак Василий Стодух. Будучи есаулом одной из – за порожских сотен в польском войске периода Русской Смуты (1601–1613), казак Стодух попал в московитский плен и в числе других пленных запорожцев был сослан на поселение в Пинегу.
Такие случаи не были редкими. Так, например, известный в сибирской истории Никифор Черниговский, которого называют первостроителем Албазинского острога на Амуре, тоже был родом с Украины, сыном служилого человека. В начале 30‑х годов он служил казацкую службу польскому королю. В 1633 году во время войны с Польшей был захвачен русскими в плен и сослан в тюрьму на Вологду.
После окончания войны по условиям мирного договора пленных должны были отпустить на родину. Однако Никифор этого не пожелал, просил оставить его «служить государю с черкасы» (т. е. с украинскими казаками), принял русское подданство, по грамоте Приказа Казанского дворца был «сослан на житье в Енисейский острог», где был поверстан в казачью службу. Нечто подобное, видимо, случилось и с Василием Стодухом.
«Буйная, неукротимая кровь запорожского сотника, – писал о нем Федор Щербина, – вновь взыграла в его сыне Михаиле, родившемся в краю беломорских льдов. Он не вернулся на родину отца – в Запорожскую Сечь, его судьбой стала далекая азиатская Сибирь».
Такая версия о происхождении Михаила Стадухина, – пишет Николай Лысенко – доктор исторических наук, автор очерка «История атамана Стадухина», представляется достаточно убедительной. В великорусской этнической среде с ее исконным «аканьем» родовая фамилия Стодух вполне могла превратиться в Стадух, а затем приобрести русское окончание «ин». Так из – за порожского «прiзвища» Стодух, получилась «поморская» фамилия Стадухин.
В пользу версии о казацком происхождении первопроходца свидетельствует также имя его родного брата- Тарас, очень распространенное в среде запорожских и нижнедонских казаков и практически неизвестное в великорусской среде ХVII века.
Таким образом говорить, что Михаил был родом из семьи Гусельниковых не совсем верно, хотя он действительно был племянником Василия Гусельникова. Правильнее было бы сказать, что из рода Гусельниковых была мать Михаила – родная сестра Василия Федотовича Гусельникова – в будущем известного купца. Это в значительной мере меняет представление о связи Михаила Стадухина с купечеством.
Василий Федотович, известный под прозвищем «Скорая запись», был выходцем из крестьянской семьи деревни Омельяновской Юрьев – Наволоцкой волости на берегу Северной Двины. Семья Федота Минина Гусельникова была большой, – две старшие дочери, имена которых неизвестны, и четверо сыновей, – Остафий, Василий, Афанасий и Гурий. В начале 20‑х годов дочери уже были замужем, носили фамилии своих мужей, – Стадухина и Остафьева и обе имели подрастающих сыновей.
В 1628 году разбойники разграбили и сожгли родовое гнездо