Степан Осипович исследовал пролив Босфор, открыв в нем глубинное течение, на основе чего написал труд, удостоенный премии Российской академии наук. С 1882 года Макаров служит на Балтийском флоте. В 1886–1889 годах, командуя корветом «Витязь», он совершил кругосветное плавание, во время которого вел систематические океанографические работы, особенно детальные в северной части Тихого океана. Проведенное исследование принесло Степану Осиповичу мировую славу. Он получил премию от Петербургской академии наук и золотую медаль Русского географического общества.
В 1890 году капитан 1 ранга Макаров назначается младшим флагманом Балтийского флота, в следующем году – главным инспектором морской артиллерии. Возглавив в конце 1894 года эскадру Средиземного моря, он совершил второе кругосветное путешествие. По возвращении в Россию контр-адмирал Макаров занимается разработкой капитального труда, посвященного основам ведения эскадренного боя кораблями броненосного флота. В свет он выходит в 1897 году под названием «Рассуждения по вопросам морской тактики». Став академическим учебником, он был переведен на ряд иностранных языков.
Несколько последующих лет деятельность Степана Осиповича связана с освоением Арктики. Он участвовал в постройке ледокола «Ермак», на котором в марте 1899 года перешел из Ньюкасла в Кронштадт, преодолев льды Финского залива, затем осуществил поход в Ревель. Спустя год он совершил на «Ермаке» арктические рейсы к Шпицбергену, Земле Франца-Иосифа и к северо-западному берегу Новой Земли. C 1899 года адмирал Макаров назначается главным командиром Кронштадтского порта, много работает над его устройством, пишет труд «Без парусов», посвященный обучению и воспитанию личного состава флота.
Бой «Варяга» с японской эскадрой.
Как известно было Колчаку, в планах японского командования на ведение войны с Россией военные действия на море занимали весьма важное место. На японский флот возлагалась задача уничтожить дальневосточный русский флот, тем самым обеспечить полное господство на тихоокеанских просторах, прежде всего в Японском, Желтом и Охотском морях, а в итоге беспрепятственную высадку японских сухопутных войск в Корее, на Квантунский полуостров, Сахалин и Владивосток. Особое внимание уделялось фактору внезапности, что, по мнению командующего японским флотом адмирала Х. Того, можно было достичь ночной атакой миноносцами русских кораблей в Порт-Артуре и Чемульпо с последующим уничтожением уцелевших из них огнем артиллерии и захватом главной военно-морской базы русской Тихоокеанской эскадры – Порт-Артура.
Командир крейсера «Варяг» капитан 1 ранга В. Ф. Руднев.
Лейтенант Н. Степин, однокашник по Морскому корпусу, поведал Колчаку, что зима 1903 года для личного состава 1-й Тихоокеанской эскадры, насчитывавшей в строю около 40 тысяч человек, выдалась тяжелой. Возникла масса трудноразрешимых проблем. Одна из них – финансовая. Военно-морское министерство в последнем квартале уходящего года выделило лишь