С этой целью в 1646 г. царским указом была повышена пошлина на соль. Из-за резкого вздорожания соли население отказывалось ее покупать, доходы казны упали. В 1647 г. соляной налог был отменен. Одновременно с податного населения стали взыскивать недоимки по налогам за два предыдущих года. В 1648 г. массовое недовольство посадских людей в Москве привело к «Соляному бунту». Алексей Михайлович вынужден был пойти на уступки. Морозов сослан в Кирилло-Белозерский монастырь. Его место при дворе заняли боярин Н. И. Романов и князь Я. К. Черкасский. Позже Алексей Михайлович приблизил талантливых государственных деятелей – Н. И. Одоевского, А. Л. Ордина-Нащокина, А. С. Матвеева.
В сентябре 1648 г., после замирения волнений, царь созвал Земский собор, который принял Соборное Уложение 1649 г., почти на два столетия ставшее основным законодательным актом Российского государства. В 1650 г. царь вновь обратился за поддержкой к Земскому собору в связи с восстаниями в Пскове («Псковская гиль») и Новгороде.
В 1649–1652 гг. проведено так называемое посадское строение – белые слободы (освобожденные от налогов частные владения) в городах отписаны «на государя», а их жители наравне с черными (государственными) слободами стали платить подати в казну Алексей Михайлович предпринял ряд мер по защите русских торговых людей от конкуренции со стороны иностранных купцов. В 1649 г. был издан указ о выдворении из России английских купцов. Указ мотивировал эту меру следующими доводами: русские купцы из-за англичан «обедняли», а последние «обогатели»; кроме того, англичане «всею землею учинили большое злое дело, государя своего Карлуса короля убили до смерти». Решение Алексея Михайловича осталось неизменным даже после личного вмешательства сына казненного в ходе Английской революции короля Карла I – будущего короля Карла II: «И за таких злодеев и изменников и государю своему убойцов и говорити бы не годилось. А достойны они за свои злые дела казни, а не милости. А на Московском государстве по-прежнему таким злодеям быти непристойно». Алексей Михайлович содействовал принятию Таможенного (1653 г.) и Новоторгового (1667 г.) уставов, поощрявших развитие внутренней и внешней торговли.
В начальные годы царствования Алексея Михайловича активизировалась культурно-религиозная жизнь России. В конце 40-х гг. 17 в. при его дворе сложился «Кружок ревнителей благочестия» («боголюбцев») под руководством царского духовника Стефана Внифантьева. Расширилась деятельность Московского Печатного двора, среди изданий которого особо выделяются книги учебного характера. В 1649 г. здесь же были напечатаны и многократно переиздавались «Соборное Уложение», «Уложение судных дел». В 1653 г. издана «Кормчая» – свод церковных правил и постановлений. В 1647 г. опубликовано переводное сочинение – «Учение и хитрость ратного строения пехотных людей» Иоганна Якоби фон Вальхаузена. Членам кружка Внифантьева принадлежит заслуга распространения грамотности и учреждения училищ в России. Алексей Михайлович издал ряд указов с осуждением тех, кто устраивал или участвовал в «бесовских игрищах»: гаданиях,