В 1922 г. в комиссии по реализации условий Рижского мирного договора, в 1925 г. в комиссии по передаче союзным республикам (УССР и БССР) материалов, хранящихся в РСФСР, и др.[207]
Огромный вклад внес ученый в подготовку специалистов архивного дела. Еще в августе 1918 г. на заседании ОИДР он сделал сообщение об организации архивных курсов[208], а с ноября 1918 до 1930 г. руководил их работой, читал лекции по исторической географии и истории архивного дела в России[209].
Достигнутые успехи позволили уже в 1921 г. поставить вопрос об организации специального архивного вуза. На 1-й конференции архивных деятелей РСФСР М. К. Любавский выдвинул разработанный им проект организации в Москве и Петрограде двух архивно-археографических институтов. Проект получил положительную оценку участников конференции, и последующая разработка этих вопросов была поручена специальной комиссии[210].
Созданный в 1929 г. при этнологическом факультете 1-го МГУ архивный цикл выступил своего рода промежуточной ступенью между архивными курсами и будущим институтом. М. К. Любавский читал его студентам лекции по истории архивного дела в России, вел семинарские занятия. Для слушателей курсов и студентов архивного цикла он написал учебное пособие «История архивного дела в России»[211], в котором рассматривалась история происхождения и функционирования архивов центральных и местных государственных учреждений страны с Х по XX в.[212] Появление в 1920 г. «Исторического очерка архивного дела в России» И. Л. Маяковского, а в 1929 г. курса М. К. Любавского было делом, тесно связанным с практикой архивного строительства. Чтобы привести все многообразие документов в систему, соответствующую их исторической природе и в то же время отвечающую требованиям их использования, нужны были знания о составе и организации архивных богатств страны.
Научная общественность высоко оценила заслуги ученого как в деле разработки крупных проблемных вопросов отечественной истории, так и громадную работу на архивном поприще. В 1929 г. М. К. Любавский был избран действительным членом АН СССР по отделению общественных наук[213].
В августе 1930 г. ученый подвергся необоснованным репрессиям и был лишен звания академика[214]. Матвей Кузьмич был арестован по делу «О контрреволюционных замыслах» академиков и профессоров истории. После года предварительного заключения, десятков дневных и ночных допросов ему объявили постановление коллегии ОГПУ, по которому он признавался виновным сразу по нескольким пунктам 58-й статьи Уголовного кодекса и приговорен к ссылке на 5 лет с зачетом предварительного заключения.
Раскрученный с осени 1929 г. репрессивный маховик так называемого «дела академика С. Ф. Платонова» затянул в свой трагический водоворот к лету 1930 г. цвет российской исторической науки: в Петербурге С. Ф. Платонова, Н. П. Лихачева, Е. В. Тарле, Б. А. Романова, П. Т. Васенко, С. В. Рождественского; в Москве М. К. Любавского, Ю. В. Готье, Д. Н. Егорова, А. И. Яковлева, В. И. Пичету, С. В. Бахрушина.