время значение Бориса среди советников Федора ослаблялось влиянием на дела боярина Никиты Романовича, но вскоре Никита Романович опасно заболел, а в следующем году скончался. Смерть царского дяди дала Борису возможность выдвинуться на первый план. Властолюбивые замыслы Бориса встретили противодействие со стороны тех людей, которые по знатности происхождения признавали за собой больше прав стоять у кормила правления.
Князья Иван Федорович Мстиславский, Шуйские, Воротынские, боярские фамилии Колычевы, Головины составили враждебную Борису партию. Против Бориса были также митрополит Дионисий, тщетно старавшийся примирить Бориса с его соперниками и считавший своим долгом печаловаться перед царем за гонимых Борисом людей.
Чтобы подрезать в корне могущество Бориса, враждебная ему партия, имея на своей стороне многих московских купцов, собралась подать царю челобитную о разводе с бездетной Ириной и вступлении в новый брак «царского ради чадородия». Но Борис при своем влиянии на царя и при любви последнего к Ирине, а также благодаря своей ловкости осилил своих противников, и дело кончилось пострижением князя Ивана Федоровича Мстиславского, ссылкой Шуйских, в том числе Ивана Петровича, свержением митрополита Дионисия и вообще опалой их сторонников.
На место Дионисия был посвящен в митрополиты ростовский архиепископ Иов, вполне преданный Борису человек. Теперь у Бориса не было более соперников: он достиг такой власти, какой не имел ни один из подданных. Все, что делалось московским правительством, делалось по воле Бориса, он принимал иностранных послов, переписывался и передаривался с иностранными государями: императором Австрийским, королевой Английской, ханом Крымским.
Разрешение сноситься с иностранными государями было дано Борису официально в 1587 году. Внешняя политика за время правления Бориса отличалась осторожностью и преимущественно мирным направлением, так как Борис сам был неискусен в ратном деле и по характеру своему не любил рискованных предприятий. С Польшей, от которой в предыдущее царствование понесли тяжелые поражения, старались поддерживать мир, хотя и путем перемирий, а в 1586 году, когда скончался король Стефан Баторий, была сделана попытка, впрочем неудавшаяся, устроить избрание в польские короли царя Федора Иоанновича или Максимилиана, эрцгерцога Австрийского.
Царь Федор Иоаннович делает Бориса Федоровича Годунова правителем России. Художник В. А. Чориков
Со Швецией в 1590 году, когда убедились, что Польша не окажет ей помощи, начали войну, причем сам царь выступил в поход в сопровождении Бориса и Федора Никитича Романова. Благодаря этой войне возвращены были отнятые шведами при Иоанне Грозном города Ям, Иван-город, Копорье и Корела.
Отношения с крымскими татарами были натянутые вследствие их частых набегов на южную окраину. Летом 1591 года крымский хан Казы-Гирей с полуторастатысячной ордой пошел к самой Москве, но, потерпев неудачу в мелких стычках с московскими войсками, отступил,