При этом принципиальное значение придавалось взаимоотношениям партийного аппарата и органов власти, которые занимали особое место в советской политической системе, постепенно становясь все более сильным инструментом власти большевиков.
Решения вышестоящих партийных органов для них были обязательны: парткомы не имели право вмешиваться только в оперативную деятельность чекистов, но зато внимательно следили за повседневной жизнью каждого сотрудника. Обособленность, ввиду специфики службы и официальной точке зрения партийного руководства, считавшего органы безопасности «вооруженным отрядом партии» свидетельствовали о том месте, которое им отводилось в Советском государстве. Так что чекистское ведомство никогда не играло самостоятельной роли и тем более не «стояло над партией» и само не проводило репрессии вопреки воле партии. Легенда о возвышении органов безопасности над партией и государством была изобретена в середине 1950-х гг. самими партийными функционерами. Наоборот, оно было самым послушным, наиболее дисциплинированным и наиболее острым орудием большевиков.
Кроме того, органы безопасности не входили в организационную структуру партийного аппарата, они работали по директивам правящей партии и под ее контролем, к тому же в Советском государстве не было ни одной структуры, которая не была бы создана без участия РКП(б). Безусловно, органы безопасности были частью системы государственной власти и государственного управления. Но особой ее частью. Именно «от полноты, интенсивности и своевременности мероприятий, принимаемых ВЧК, зависит, быть может, самое бытие Советской республики»6. Дзержинский указывал на необходимость тесной связи в работе чекистов с Советами и различными наркоматами и другими ведомствами: «У нас должна быть ставка на местную власть».7 Он писал, что сотрудники органов ВЧК-ОГПУ не должны подчеркивать «прав и власти ЧК», держаться скромнее, работать под руководством губисполкомов и губкомов, «у которых вся полнота власти, а не в губчека»8. Более того, Дзержинский считал «вообще опасным, если губчека или ос[обые] от[делы] будут думать, что они только соль земли…Чека и особые отделы должны объективно сыграть громадную роль в борьбе с неурядицами. Но это возможно только тогда, если субъективно и даже формально (в правовом отношении) мы будем только слугами (а не спасителями) других ведомств. А от политики (спецы-антиспецы, верхи-низы и т.д.) мы должны бежать».9 Он писал, что органы ВЧК «никогда еще не нарушали партийных директив и линии, а всегда были и есть слуга партии и борец партии» 10; «ЧК должна быть органом Центрального Комитета, иначе она вредна, тогда она выродится в охранку или в орган контрреволюции».11.
Руководитель ведомства безопасности внушал своим подчиненным необходимость слаженной работы с партийными комитетами. 4 апреля 1921 г. Ф.Э.Дзержинский и В.М. Молотов подписали циркулярное письмо, в котором указывалось: «Председатель и члены коллегий ЧК со своей сторон