Его инициатором стал патриарх Никон, который обладал большой личной властью и потому порой мог выразить резкое несогласие с царскими решениями. Алексей Тишайший самолично вложил в руки Никона огромную власть. Уезжая из Москвы на войну, он наградил патриарха титулом «великого государя» и поручил ему управление государством и попечение над царской семьей.
Никон вошел в историю России своей знаменитой церковной реформой. Патриарх, человек умный, начитанный и энергичный, отличался огромным властолюбием и непримиримостью. Он видел падение авторитета церкви, знал о возмущении верующих поведением некоторых высокопоставленных церковных служителей и о разночтениях в проведении церковных обрядов и богослужебных книгах. На последнее не раз обращали внимание приезжавшие в Москву греческие православные архиереи и ученые монахи.
Никоновская церковная реформа началась в 1654 году. Ее одобрил царь Алексей Михайлович, видя в этом серьезную поддержку самодержавной власти. Реформа патриарха Никона сводилась к следующему. Устанавливался единый для всех православных церквей культ богослужения. За образец брался греческий богослужебный чин. Главное внимание обращалось на правильность и торжественность богослужения. Устанавливалось единоголосие (чтение и пение) во время церковной службы. Вводилось крестное знамение тремя перстами – двуперстие было предано проклятию. Земные поклоны при богослужении заменялись поясными. Для богослужения допускались иконы только греческого письма. Изымался из употребления трехсоставной восьмиконечный крест. Ходы посолонь заменялись крестными ходами навстречу солнцу. Предписывалось совершать литургию на пяти просфорах, а не на семи, как было до никоновской реформы.
Реформа расколола Русскую православную церковь на две непримиримых между собой части. Во главе оппозиции патриарху стал знаменитый борец за «старое благочестие» протопоп Аввакум. Он подвергался царским гонениям, ссылкам и, наконец, в апреле 1682 года был сожжен на берегу Северного Ледовитого океана в Пустозерске «за великие на царский дом хулы».
Раскол вылился в то, что на сторону противников реформы встали епископ Павел Коломенский, княгиня Урусова и боярыня Морозова, воспетая в знаменитой картине художника Василия Сурикова. Произошло вооруженное выступление монахов Соловецкого монастыря на Белом море, которые восемь лет противостояли царским стрельцам. «Церковные мятежники» подверглись суровым наказаниям.
С годами ряды раскольников стали все шире и шире пополняться простым людом. Расколоучители привлекали на свою сторону обездоленных, темных и суеверных людей. Они массами уходили в глухие северные леса, создавая там раскольнические общины – скиты, мечтая найти в них избавление от беспросветной жизни.
Самовластный патриарх Никон в конце концов потерял доверие царя, который стал избегать общения с ним. Церковный собор 1666 года лишил Никона сана и сослал его на 15 лет простым монахом в Белозерский Ферапонтов