Ставки ВГК командование фронтом предложило вести инженерную подготовку с учетом вероятности изолированной обороны Крыма, снова сделав упор на защиту высадочных районов. Предложенный Батовым вариант защиты полуострова был признан недостаточным и предусматривающим лишь противопехотную оборону Крыма в виде слабых и разрозненных отдельных оборонительных пунктов, без учета танковых атак, артиллерийских ударов и ударов авиации.
При этом особое внимание командованием фронта все-таки обращалось на укрепление северного рубежа полуострова: Перекоп – Геническ, который был признан слабо подготовленным.
Для руководства работами разрешалось сформировать одно управление военно-полевого строительства, привлечь с помощью республиканских властей инженерно-технический состав, местное население, транспорт и материальные ресурсы.
В начале августа 1941 г. новый план обороны Крыма был утвержден. Он предусматривал строительство двух полос обороны на севере – Перекопской и Чонгарской, а на юге – Ишуньской. Северная позиция рассматривалась как основная. На ее укрепление были направлены все усилия военных и гражданских руководителей республики.
Однако генерал-лейтенант Батов полагал, что и новый план обороны не соответствует возможностям обороняющих Крым войск, и счел нужным 4 августа подать Тюленеву «докладную записку по вопросам организации обороны Крыма».
В записке командир 9-го ОСК обращал внимание командующего фронтом на то, что «последняя обстановка, складывающаяся в настоящее время на фронте, ставит вопрос организации обороны Крыма как изолированной обороны».
В такой ситуации сил, выделенных для обороны полуострова, становилось явно недостаточно для выполнения поставленных Ставкой задач, так как «расчет инженерных работ с учетом упорной и активной обороны перешейков силами не менее двух дивизий построен на четыре стрелковые дивизии, которые образуют круговую оборону полуострова».
Вместо необходимых при подобной оборонительной тактике шести стрелковых дивизий Батов имел в своем распоряжении всего две и одну кавалерийскую, которая была «сформирована по особым штатам сокращенного состава» и состояла из трех кавполков общей численностью 3000 сабель, а также одного бронедивизиона плавающих танков Т-40.
Командир корпуса справедливо полагал, что имеющиеся в его распоряжении войска «полностью задачу по обороне Крыма не решат как активную оборону, а будут представлять отдельные мелкие группы прикрытия, растянутые по всему побережью на широком фронте, и то только на вероятных направлениях».
Батов высказывался примерно как и Жуков: он тоже считал, что «широкие равнинные пространства Крыма представляют собой хорошие аэродромы для высадки парашютных десантов пр[отивника в массовом к[оличест]ве на всей его территории, а это также требует значительного количества войск для обеспечения всего этого пространства».
Для борьбы с десантами на местах