но вне реестра теперь было уже около 40 тысяч казаков. Многие не попавшие в реестровые казаки уходили в Сечь, где в 1629 году насчитывалось уже 40 тысяч запорожских казаков.
В 1630 году в Сечи восстали десятки тысяч «новых казаков» во главе с беглым крестьянином Тарасом Федоровичем. Восставшие пошли походом на Украину, где к ним присоединились и реестровые казаки. Под Корсунью повстанцы окружили польское войско гетмана Конецпольского. Последнему удалось договориться с реестровыми казаками. В разгар сражения они перешли обратно на сторону поляков, схватили и казнили Тараса.
В 1637 году новое восстание возглавил запорожский казак Павлюк. Оно охватило Киевщину, Полтавшину и Черниговщину. Повстанцы уничтожили старшину реестровых казаков и польскую и украинскую шляхту. 14-тысячному польскому войску во главе с гетманом Потоцким в 1638 году с большим трудом удалось уничтожить 10-тысячную армию Павлюка. Потоцкий вспоминал: «Так упорно и непокорно было то мужичье, что никто из них не просил о мире и прощенье вины. Напротив, они только кричали, чтобы всем умереть в бою с нашим войском, и все действительно умерли, сражаясь против нас. И даже те, которым не хватало пуль и оружия, оглоблями и дышлами били наших солдат». После поражения реестровые казаки выдали Павлюка и его приближенных поляков. Казненного Павлюка сменил гетман Остраница, а после ухода Остраницы в Московскую Русь – полковник Гуня, но восстание вскоре было подавлено, и Гуня, подобно Остранице, также бежал в русские пределы. Теперь реестровых казаков стало меньше 6 тысяч и была отменена выборность почти всей казачьей старшины. Реестровые казаки сохранили право избирать лишь двух есаулов и нескольких сотников. Жить казаки могли только в Черкасском, Корсунском и Чигиринском староствах.
В конце 1647 года чигиринский сотник Зиновий Богдан Хмельницкий, из мелкопоместной украинской шляхты, испытавший немало притеснений от поляков (один шляхтич убил его сына, разорил хутор и похитил жену), бежал в низовья Днепра, где, собрав отряд беглых казаков, напал на польскую крепость Кодак, запиравшую выход из Сечи, и захватил ее. После этого успеха Запорожская Сечь избрала Хмельницкого своим гетманом. Он обратился с воззванием к населению Украины: «Никогда вы не найдете возможности свергнуть польское господство, если теперь не сбросите целиком иго польских чиновников и не добудете свободы, той свободы, которую наши отцы купили своей кровью… нет иного способа, кроме как победить врага силой…» Хмельницкому удалось заключить союз с крымским ханом. Польское командование недооценило серьезность ситуации. Коронный гетман Николай Потоцкий считал, что у Хмельницкого лишь 2 тысячи казаков и не более 500 татар перекопского мурзы Тугай-бея. В действительности же у Хмельницкого было до 8 тысяч запорожцев и примерно столько же татар. На Запорожье в апреле 1648 года двинулся польский отряд в 5–6 тысяч человек во главе с сыном гетмана Потоцкого Стефаном. Параллельно ему по Днепру на лодках плыл отряд реестровых казаков полковника