дуже подібні до нашого союзу з кишковою мікробіотою: ми даємо бактеріям дім, доручаємо їм необхідні функції та підтримуємо більш раціональний геном. Проблема в тому, що ми змушені піклуватися про головні бактерії, які виконують життєво важливі завдання.
Ми сподіваємося, що гени мікробіому заповнять прогалини нашого геному. Розщеплення широкого різноманіття клітковини з рослинного матеріалу, який ми споживаємо, потребує величезного набору генів, що забезпечують наші кишкові мікроби. Симбіотичні відносини з цими бактеріями впродовж усієї історії людства зробили нас залежними від хімічних сигналів, які вони посилають до різних систем усередині організму протягом нашого життя. Ці сигнали свідчать, що наш кишковий тракт правильно функціонує, наша імунна система активно (але не надмірно) бореться з хворобами і що наш метаболізм підтримує гомеостаз. Людський геном отримує користь від 3—5 мільйонів генів мікробіоти без витрат на їхнє підтримання.
Якщо мікробіота така важлива для людського здоров’я, чому ми дізналися про неї лише щойно? Ще донедавна галузь медичної мікробіології була зосереджена тільки на «поганих» бактеріях, також відомих як патогени. Патогенні мікроби спричиняють такі хвороби, як холера, туберкульоз та бактеріальний менінгіт, і відповідають за страждання та смерть безлічі людей упродовж усієї історії. Нескладно зрозуміти, чому медичні дослідження були так зосереджені на розумінні цих бактерій та боротьбі з ними. У середині XIX століття відомий мікробіолог Луї Пастер почав експериментально вивчати ідею, що мікроорганізми спричиняють псування та ферментацію їжі – процес, який перетворює молоко на йогурт або виноградний сік на вино. До Пастера наукова думка стверджувала, що псування молока спричиняє якась сутність, що спонтанно виникає в ньому. Завдяки своїм експериментам Пастер довів, що псування та ферментація виникають унаслідок дії не якоїсь примари, а чогось конкретного в навколишньому середовищі. І це були мікроби.
Його робота допомогла підтвердити теорію мікробного походження хвороб. Пастер вважав, що бактерії можуть не тільки псувати молоко, а й спричиняти в людей захворювання. Ця теорія була на той час новим явищем, оскільки в науці панувала думка, що хвороби спричиняють міазми – смердючі отруйні випари від гниття органічних речовин. Ця віра у шкідливі міазми стала поштовхом до покращення санітарно-гігієнічних умов.
Середина XIX століття в Лондоні – час нових правил особистої гігієни. Родини, які прагнули позбутися негігієнічних нічних горщиків, радо вітали революційний винахід змивного туалету. Але зі змиванням відходів постали нові проблеми. Лондон тоді ще не мав достатньо розвиненої каналізаційної системи, а тому нічні горщики спорожняли у вигрібні ями по всьому місту. Туди також зливалася вода з туалетів, яка швидко почала перетікати в Темзу – джерело питної води для багатьох мешканців Лондона. До середини XIX століття паралельно зростав рівень каналізаційних