безвыездно жил в Преображенском. В Кремле правила сестра Софья вместе с князем Василием Голицыным, а здесь, в тиши отдаленного села, проводил время в играх будущий преобразователь России. Эти игры постепенно стали отнюдь не детской забавой, когда молодой царь не в шутку, а всерьез занялся военными делами. На левом берегу Яузы в 1684 году была построена крепость Прешбург, ставшая прообразом будущего Санкт-Петербурга. Царь сам работал при сооружении крепости наравне со всеми прочими и устанавливал пушки. На самой середине городка была построена столовая. В ней собирались начальники и работники потешного городка к обеду, где между рабочими людьми никаких чинов не было. Потешный городок вскоре стал именоваться стольным городом, то есть сделался постоянным жилищем если не самого царя, то его рати. Так зародилась Потешная, а затем Солдатская слобода, где было сосредоточено руководство новыми воинскими частями, складывались учреждения по управлению государством. Из дворцовых служащих Петр набрал себе потешные полки Преображенский и Семеновский, принявшие затем совсем не потешные вид и размеры, которые разыгрывали целые сражения. Они брали крепость штурмом, готовясь к будущим боям. Постепенно потешные полки стали реальной военной силой и впервые проявили себя, когда Петр вступил в конфликт с сестрой Софьей.
В ночь с 7 на 8 августа 1689 года в Преображенское из Кремля прискакали два стрельца, преданные Петру и Нарышкиным. Они разбудили Петра и объявили ему страшную весть, что стрельцы взбунтовались и идут в Преображенское с требованием выдать им Петра. Петр помнил кошмарные картины стрелецкого бунта 1682 года, озверевшие лица убийц, хватавших близких родственников, бояр и дьяков, и бросавших их на подставленные копья. Петр, охваченный безрассудным страхом, не рассуждая, в одной ночной рубашке вскочил на коня и ускакал в ближний лес, чтобы спрятаться от убийц. Туда ему привезли одежду, и он с кучкой верных приближенных и слуг поскакал к Троице. Это был переломный момент. Потом на сторону Петра перешли войска и многие бояре, а Софья осталась одна, и ее дело было проиграно. Она была заключена в монастырь, после чего окончательно началось царствование Петра I.
В 1689 году была построена Съезжая изба для расправы и разных дел, которая послужила основанием для Преображенского приказа и впоследствии Тайной канцелярии. Учрежденную Петром в Преображенском Тайную канцелярию сравнивали с Римской инквизицией. После стрелецкого бунта стрельцы были уничтожены, и все дела по общественной безопасности сосредоточились в Преображенской приказной избе.
Недалеко от потешного городка река Яуза была запружена плотиной для подъема воды, где была построена Петровская мельница. В 1696 году по указу Петра в Преображенское на мельницу была привезена галера, построенная в Голландии, и по ее образцу стали строить суда. Окраина села превратилась в судостроительную верфь. Там же возникла первая текстильная мануфактура, производившая парусное полотно.
В 1690–1692 годах был воздвигнут