В дальнейшем, в соответствии с Указом от 8 апреля 1829 г. любой министр российского правительства мог делать распоряжения подведомственным учреждениям только через генерал-губернатора. Без согласования с последним никакие меры правительства в отношении «благоустройства, казенного интереса и общей политики вверенного ему края» не принимались.
В начале 40-х гг. XIX века было принято решение о возрождении института наместничества на Кавказе, которое было учреждено Указом от 19 февраля 1844 г. Кавказским наместником был назначен граф М. С. Воронцов128.
Первоначально в число основных задач, поставленных перед институтом Кавказского наместничества, входило: организация военных действий, управление горскими обществами и подавление их вооруженных выступлений в случае неповиновения российским властям129.
Условия статуса Кавказского наместничества были разработаны наместником М. С. Воронцовым. Кавказскому наместнику принадлежали права, входящие в компетенцию соответствующих министерств, а правительственные ведомства лишались административного контроля над деятельностью наместника, что давало ему возможность при необходимости апеллировать непосредственно к самому императору130.
6 января 1846 года были утверждены «Правила об отношениях Кавказского Наместника», подписанные председателем Кавказского Комитета князем А. И. Чернышевым131, конкретизировавшие права наместника в отношении гражданских и военных ведомств Кавказа.
В период наместничества М. С. Воронцова произошел ряд территориально-административных преобразований, в основе которых лежал губернский принцип. В соответствии с Указом Правительствующего Сената от 2 мая 1847 г., Кавказская область «для соблюдения единообразия в общем именовании разных частей государства» переименовывалась в Ставропольскую губернию, а ее округа стали уездами132. В городах учреждались губернские правления во главе с председателями, входившими в состав канцелярии Наместника, а также губернские суды. Уезды возглавляли уездные начальники, в руках которых находилась полицейская, хозяйственная и судебная части133.
После окончания Кавказской войны российское правительство приступило к очередной перестройке системы административного управления на Северном Кавказе. Главнокомандующий Кавказской армией князь А. И. Барятинский приказом от 3 мая 1860 года упразднил Кавказскую линию. Согласно «Положению об управлении горцами Кубанской области» 1866 г., прежняя приставская система правления была упразднена, и вместо нее вводились военно-народные правления. Местные жители Кубанской области были распределены по пяти военно-народным округам134. Карачаевские и абазинские аулы вошли в Эльбрусский округ. Черкесы, абазины, ногайцы – в Зеленчукский. Черкесы, ногайцы, армяне – в Урупский