Михаила VIII Палеолога не укрылась от патриарха, и буквально в считаные месяцы между ними произошел конфликт, завершившийся освобождением «Вселенского архиерея» от кафедры и добровольным удалением на покой в Магнезию. Официально был запущен слух о том, что якобы патриарх Арсений дерзко вел себя с малолетним Иоанном IV Ласкарисом – версия, в правдоподобие которой совершенно не верится.
Этот демарш не входил в планы Палеолога: патриарха нельзя было снять по решению Синода, поскольку тот ни в чем не провинился перед Православием и царской властью, но и возвращаться Арсений не желал. Михаил VIII был потрясен, Синод боялся царя, но никак не мог ни вернуть патриарха на кафедру, ни избрать нового. Наконец, вместо Арсения на патриаршество был возведен Эфесский митрополит Никифор (1260)319.
К сожалению, новый предстоятель Византии решил за благо для себя опорочить предшественника, активно распространяя мнение, будто тот получил патриарший сан в противоречии с канонами, поскольку всего за неделю прошел все степени посвящения. На самом деле Никифору должно было знать, что эта практика не являлась чемто из ряда вон выходящим в старые времена, и многие светильники Православия из числа Константинопольских архиереев стали патриархами именно таким способом320. Впрочем, правил Церковью Никифор всего 1 год, затем почив в Бозе, а вместе с ним и почти все епископы, которые подстроили изменение протокола венчания царей на царство. Византийцы справедливо посчитали, что свершился Божий суд над клятвопреступниками и клеветником.
Единственным выходом из случившегося кризиса власти были внешние успехи, позволяющие Палеологу завоевать симпатии населения. В 1260 г. Михаил VIII Палеолог переправился с войском во Фракию и осадил Константинополь со стороны крепости Галата, надеясь, что после овладения ею древняя столица Византии непременно падет. Однако осада не задалась – латиняне крепко сидели в Константинополе, хотя и терпели муки голода. Изза отсутствия топлива французы пустили на растопку множество прекрасных зданий, но держали оборону.
Приказав войску возвращаться в Никею, Палеолог приказал оставшимся маневренным отрядам кавалерии производить постоянные набеги на латинян и оккупировать все близлежащие городки, чтобы Константинополь продолжал оставаться в кольце. Но, конечно, это была мнимая блокада, с которой франки разделались без особого труда. Примечательно, что при отступлении греков в пригороде Константинополя были случайно обнаружены останки императора Василия II Болгаробойцы, ранее выброшенные латинянами из царской гробницы. Узнав об этом, Палеолог тут же распорядился прислать парчовые покровы и предать прах торжественному погребению. Император Василий II нашел покой в монастыре Христа Спасителя в Силивкии321.
Возвращение Палеолога случилось вовремя, поскольку с Востока поступили вести, что татары, перейдя через Евфрат, вновь вторглись в Сирию, Аравию