Армянской ССР, его соратник, Вазген Манукян, возглавил правительство.
После прихода к власти руководство АОД приняло решение прекратить деятельность в республике неподконтрольных ему вооружённых группировок. Эти группировки, сформированные под лозунгом «поддержки армян Карабаха», для пополнения запасов оружия многократно нападали на дислоцированные в Армении воинские части Советской армии, разворовывали оружие и боеприпасы. В августе произошли столкновения между представителями АОД и крупнейшей вооружённой группировки – Армянской национальной армии. 29 августа члены правящей партии пришли к штаб-квартире АНА для переговоров, но попали под обстрел. В результате двое (в том числе депутат Верховного Совета Армянской ССР) были убиты. После того как погибли ещё несколько аодовцев, их соратники (АОД имело собственное боевое крыло, которое после прихода партии к власти постепенно интегрировалось в легальные силовые структуры) захватили несколько заложников из числа активистов АНА.
В ночь на 30 августа между руководством АНА и АОД состоялись переговоры. На следующий день командующий АНА Размик Василян и его заместитель выступили по ТВ с обращением к своим соратникам. Они заявили, что подразделения АНА распускаются, а имеющееся оружие будет сдано властям. Желающим была предоставлена возможность перейти в состав воинских подразделений, подчинённых новому руководству Армянской ССР.
Придя к власти и укрепив свои позиции, руководство Армении во главе с Левоном Тер-Петросяном начало проводить активный курс на выход Армянской ССР из состава СССР. 23 августа 1990 г. Верховный Совет Армянской ССР принял Декларацию о независимости Армении. Было объявлено, что Республика Армения – суверенное государство, наделённое независимостью. На территории республики прекращалось действие Конституции СССР и законов СССР, был инициирован процесс выхода из состава Советского Союза. Армения также заявила о правах на свою долю вооружений СССР. Примечательно, что в Декларации о независимости Армении содержалась ссылка на решение Верховного Совета Армянской ССР от 1 декабря 1989 г. о «воссоединении» Армянской ССР и Нагорного Карабаха. Таким образом, в Декларации вновь легитимизировалось вхождение НКАО в состав Армянской ССР и провозглашался выход этой территории Азербайджана из состава СССР уже как части Армянской ССР.
1 марта 1991 г. власти Армении отказались от участия в референдуме о сохранении и обновлении СССР и приняли решение о проведении 21 сентября 1991 г. референдума о независимости. Во всесоюзном референдуме 17 марта 1991 г. Армения не участвовала. В апреле 1991 г. руководство Армении отказалось и от участия в Новоогарёвском процессе по разработке нового союзного договора. Эти действия резко обострили отношения между правящей элитой Армении и Кремлём. В то же время руководство Азербайджана не ставило вопрос о выходе из состава СССР, республика приняла участие во всесоюзном референдуме, а Аяз Муталибов оставался среди участников Новоогарёвского