«общего жития».
У Святой Горы многие века были традиционно тесные отношения с греческими императорами, многократно подтверждавшими привилегии Афона и изливавшими на его монастыри свои царские милости и благодеяния. Но никогда василевсы не затрагивали сферу православного исповедания афонцев. По прекращении в 1185 году династии Комнинов началось правление Ангелов, омраченное Крестовыми походами латинян, отпавших от православия (1054) римо-католиков. Со взятием Константинополя крестоносцами (1204) Афон в числе других стран и городов терпел разорения от разного рода разбойничьих набегов. Покровительство папы Иннокентия III (1198–1216) и временный переход Афона под защиту болгарских царей (при Асене II, 1218–1241) на время освободили его от притеснений, но с переходом опять под власть византийских императоров Святая Гора подверглась невиданному испытанию: Михаил Палеолог (1261–1282), приняв церковную унию с латинянами, насильно стал водворять в «вертограде Царицы Небесной» папскую веру. Это время явило на Афоне многих священно– и преподобномучеников. Оставленные без защиты государства, обители афонские стали подвергаться набегам обосновавшихся на соседнем полуострове каталонцев, которые одним из своих промыслов сделали пиратство в Средиземном море. По преданию, варварские набеги каталонцев велись с ведома латинствующего императора Михаила Палеолога. В это время беднейшие маленькие монастырьки, неспособные к самозащите от разбойников, добровольно переходили во владение больших.
С умиротворением всей Восточной Церкви от смут по поводу латинской унии при Андронике II Палеологе (1282–1328) Афон был передан им из царского ведомства под опеку Константинопольского Патриарха (при Патриархе Нифонте, в 1313 году). Афонские монастыри стали именоваться ставропигиальными, за Протом Святой Горы была признана роль духовного лидера Афона.
В XIV веке связи Руси, еще только готовящейся к Куликовской битве с татарами, со Святой Горой были практически прерваны. В этот период истинными защитниками Афонской монашеской республики стали сербские государи, особенно Стефан Душан (1331–1346): сербы стали на Афоне второй по численности этнической группой после греков.
Спустя столетие после пережитых смут от латинского нашествия, грабежей каталонцев и турок монашеская жизнь на Афоне изменилась к худшему. Особенно был нарушаем обет целомудрия и нестяжательности, так что недопустимые в монашестве вольности пришлось особо оговаривать в Третьем святогорском Уставе (1384), где определялся порядок надзора со стороны Патриарха за жизнью Афона. Несмотря на упадок монашеской жизни, на Святом Афоне явились новые духовные светильники: святители Григорий Палама и Филофей, Патриарх Цареградский, преподобные Григорий Синаит и Максим Кавсокаливит. Труды исихаста Паламы обогатили вселенское православие