После этого А. Бекович-Черкасский получил приказ царя двигаться на Хиву и под предлогом оказания военной помощи хивинскому хану установить контроль над этим государством.
Но все планы русского царя рухнули. М. П. Гагарин, снаряжавший экспедицию И. Д. Бухгольца, явно недооценил Джунгарию, до той поры не имевшую возможности и желания воевать с Россией. В книге «От Руси к России» Л. Н. Гумилев, касаясь этого вопроса, совершенно справедливо отмечал: «Может возникнуть вопрос: почему столь пассивно вели себя могучие степные народы ойраты (западные монголы) и казахи. Ни те, ни другие не приняли активного участия в борьбе Кучума с русскими землепроходцами и воеводами. Это, видимо, объясняется тем, что силы ойратов, которые были буддистами, и казахов-мусульман были скованы собственной междоусобной борьбой, и тем, что русские, продвигавшиеся лесными массивами Сибири, не представляли для степняков никакой угрозы».
Однако теперь, когда дело касалось не только сибирских лесов, вопрос стал иначе, и джунгары очень агрессивно восприняли появление на Иртыше российского военного отряда. Для изгнания пришельцев джунгарский хунтайджи выделил десятитысячное войско под командованием своего брата Цэрен-Дондуба. Несмотря на выдвинутый ультиматум, в котором российскому отряду было предписано немедленно покинуть занятую территорию, и внушительные силы джунгар, И. Д. Бухгольц в соответствии с указаниями царя решил принять вызов. Начались бои.
Ойраты, впервые столкнувшись с современной артиллерией, теряли своих воинов, но продолжали совершать отчаянные нападения на построенную крепость. Потери осажденного гарнизона также оказались чувствительными, и уже в декабре И. Д. Бухгольц донес до сведения Петра I, что дальнейшее продвижение к Яркенду стало невозможным. С каждым днем все труднее было держаться и в самой крепости. Отправленный в Ямышевскую из Тобольска транспортный караван с продовольствием и подкреплением был разбит джунгарами, взявшими около 450 пленных. Рисковать более значительными силами М. П. Гагарин не пожелал, и экспедиция фактически оказалась брошенной на произвол судьбы. Отряд даже не имел возможности отступить, поскольку Иртыш покрылся льдом, а идти по степи означало верную смерть. В такой, казалось бы, безвыходной ситуации российский отряд сумел продержаться до весны следующего года. Как только лед окончательно растаял и, стало очевидно, что подкрепления не будет, И. Д. Бухгольц, у которого после ожесточенных боев осталось всего около 700 человек, принял решение уходить по Иртышу. Оставленная Ямышевская крепость была сожжена джунгарами. Единственным достижением русского отряда стало основание на обратном пути Омской крепости.
Полной катастрофой закончилась и среднеазиатская экспедиция. Хивинцы разгадали замысловатые планы российского царя и не менее коварно вырезали шеститысячный отряд А. Бековича-Черкасского.
Будучи хорошо осведомленными обо всех этих событиях, казахские ханы решили вступить в военный союз с Россией. Тем более что джунгары снова стали совершать нападения на казахские