Отказавшись от этих признаний на суде, Евдокимов заявил, что не выдержал: «Меня сильно били по пяткам».
Нельзя сказать, что Меркулов хорошо подходил для новой должности. Оставаясь заместителем Берии, человеком в его тени, он нёс ответственность как исполнитель, а не как руководитель. Но теперь он самостоятельно возглавлял важнейшее ведомство, к чему не имел большой охоты. Так что отчасти он был подставным лицом, позволявшим Берии сохранять своё влияние сразу в двух наркоматах. В действительности львиную долю работы в НКГБ выполнял 1-й заместитель Меркулова Кобулов.
Кобулов входил в ближайшее окружение Берии и был одним из самых доверенных его людей. Фактически именно в руках Кобулова и было сосредоточено руководство ключевыми вопросами ведомства. Об этом говорят два факта. Во-первых, Кобулов обладал неслыханной привилегией – он был единственным из первых заместителей, который лично ходил на доклады к Сталину. Во-вторых, достаточно сравнить количество наград двух руководителей. У Меркулова был орден Ленина, орден Красного знамени, орден Кутузова 1-й степени и тувинский орден Республики. Не самый внушительный наградной список. Зато у его помощника Кобулова – три ордена Ленина, пять орденов Красного знамени, два ордена трудового Красного знамени, ордена Суворова, Кутузова и Отечественной войны 1-й степени.
Кроме того, существуют свидетельства, что именно Кобулов лично руководил наиболее важными спецоперациями наркомата госбезопасности.
Согласно решению Политбюро ЦК ВКП(б) от 5 марта 1940-го Меркулов возглавил «тройку» НКВД, которой предстояло вынести решения о расстрелах польских военнопленных и гражданских лиц. По решениям этой «тройки» весной 1940-го были расстреляны 21 857 человек, из них в Катынском лесу под Смоленском – 4421 человек. Роль Меркулова не ограничилась руководством «тройкой». Он лично выезжал в Белоруссию проверить, как идут расстрелы поляков – гражданских лиц – в рамках решения от 5 марта 1940-го. Как отмечалось в отчете МГБ Белоруссии, «в 1940 году тов. Меркулов приезжал специально по делу ведения следствия и приведения приговоров в исполнение на арестованных в западных областях Белорусской ССР». Осенью 1943-го, будучи наркомом госбезопасности, Меркулов приложил усилия скрыть злодеяние НКВД в Катыни. Еще до эксгумации, проведенной Бурденко, он направил туда сотрудников 2-го управления НКГБ для заметания следов – они перекапывали захоронение, подбрасывая ложные документы, готовили лжесвидетелей и т. п.
В феврале 1941-го Меркулов занял пост во главе выделившегося из НКВД наркомата госбезопасности. В этот год его особенно часто Сталин принимает в своем кремлевском кабинете. В журнале посещений зафиксировано 22 визита. И неудивительно. Накануне войны по прямому указанию Сталина Меркулов затеял громкое дело против ряда высокопоставленных генералов РККА и руководителей оборонной промышленности, среди них были нарком вооружения Ванников и заместитель наркома обороны Мерецков. Как скажет потом в 1953-м на допросе Берия, к арестованным