войско делилось на станицы, состоявшие из нескольких казачьих поселений, называемых хуторами и поселками. Площадь владений каждой станицы называлась станичным юртом. Донское и Уральское казачье войско имело земли, завоеванные или занятые ими самими. Остальные казачьи войска получали земли за несение ими пограничной и военной службы.
В Смуте участвовали многие служилые и вольные казаки, число которых значительно увеличилось за счет крестьян и посадских, ставших казаками «по праву сабли». Казаки воевали на всех сторонах, многие грабили, разбойничали, даже мучили население, выпытывая места тайников с родовым добром. Именно казаки зарубили руководителя первого земского ополчения П. Ляпунова, почти изгнавшего польских оккупантов из Москвы. Казачье руководство часто уклонялось и от совместных операций в 1611 – 1612 годах со вторым земским ополчением К. Минина и Д. Пожарского. Большую опасность при воцарении династии Романовых представляли действия казачьих отрядов И. Заруцкого и его «супруги» авантюристки Марины Мнишек, бывшей женой Лжедмитрия I. С трудом отряды Заруцкого были разбиты в Астрахани, где мятежный атаман попытался создать собственное ханство. Вместо ханского трона Заруцкого посадили на кол, а его «походная жена» закончила свою жизнь в коломенской тюрьме. Шайки разбойников и грабителей еще долго ловили по всем городам и землям. Современник писал: «Жилища человеческие превратились в логовища зверей. Медведи, волки, лисицы и зайцы свободно гуляли по городским площадям и птицы вили гнезда на человеческих трупах. Люди сменили зверей в их лесных убежищах, скрывались в пещерах, непроходимых кустарниках, искали темноты, желали скорейшего наступления ночи, но ночи были ясны. Вместо луны зарево пожаров освещало поля и леса, охота за зверями теперь сменилась охотой за людьми, следы которых отыскивали гончие собаки. Казаки, если где не могли истребить сельских запасов, то сыпали их в воду и грязь и топтали лошадьми; жгли дома, с неистовством истребляли всякую домашнюю рухлядь. Где не успевали жечь домов, там портили их, рассекали двери и ворота, чтобы сделать жилища неспособными к обитанию. Звери поступали лучше людей, потому что звери наносили одну телесную смерть».
Полностью укротив новое и старое казачество власти смогли в 1619 году, сначала уговорами, и часто не выполнявшимися обещаниями жалованья, потом силой. Руководителей казацких отрядов перевешали, те, кто не ушел на Дон и Запорожскую Сечь, пошли на службу. Многих беглых вернули в холопство, в крепостные. Западные послы докладывали начальству о положении народа в Московском царстве: «Нет слуги или раба, который бы более боялся своего господина, или бы находился в большем рабстве, как здешний простой народ. Крестьянин владеет своей собственностью только по названию, и нисколько не огражден от хищничества и грабежа как высших людей, так даже простых дворян, чиновников и солдат. Из-за притеснений крестьянам нет смысла заниматься промыслами, так как все равно у них можно все отнять. �