начальника группы контроля 17-й армии ЗабВО, с октября 1940 г. был старшим пом. начальника отдела боевой подготовки штаба армии. В начале Великой Отечественной войны в той же должности. В августе 1941 г. подполковник А. А. Щенников назначен начальником штаба 35-й запасной стрелковой бригады Забайкальского фронта. В декабре 1941 г. вступил в командование 456-й стрелковой дивизией, находившейся на формировании в г. Улан-Удэ (2 февраля 1942 г. переименована в 97-ю стрелковую). В период с 6 по 28 февраля она была переброшена на Западный фронт в 16-ю армию. С марта 1942 г. полковник А. А. Щенников командовал 36-й отдельной стрелковой бригадой этого же фронта. В августе бригада была подчинена командиру 5-й гвардейской стрелковой дивизии 33-й армии и вела наступательные бои против гжатской группировки противника. «За плохое руководство бригадой, не выполнение боевого приказа по овладению нас. пунктами Антоново и Тюрмино, обман и введение в заблуждение вышестоящего командования » он был от командования бригадой отстранен и в сентябре назначен заместителем командира 222-й стрелковой дивизии этих же армии и фронта. До марта 1943 г. дивизия занимала оборону по восточному берегу р. Воря, затем участвовала в Ржевско-Вяземской наступательной операции, с конца марта вела оборонительные бои на рубеже р. Угра. В августе – сентябре
1943 г. она последовательно участвовала в Спас-Деменской и Ельнинско-Дорогобужской наступательных операциях. За боевые отличия в этих операциях А. А. Щенников был награжден орденом Красного Знамени (3.9.1943). В ходе этих боев 11 сентября в районе Ельни он получил тяжелое ранение в голову и в бок и госпитализирован. По излечении в ноябре 1943 г. назначен заместителем командира 157-й стрелковой дивизии, с 15 декабря того же года вступил в командование этой дивизией. До февраля 1944 г. ее части в составе 81-го стрелкового корпуса 33-й и 5-й армий Западного фронта вели оборонительные и наступательные бои на витебском направлении. С 17 февраля 1944 г. полковник А. А. Щенников и. д. командира 153-й стрелковой дивизии. До июня она находилась в резерве Ставки ВГК, затем была включена в 69-й стрелковый корпус 49-й армии 2-го Белорусского фронта и участвовала в Могилевской и Минской наступательных операциях. За образцовое выполнение заданий командования в боях при форсировании рек Проня и Днепр, прорыв сильно укрепленной обороны противника и освобождение г. Могилев 10 июля 1944 г. она была награждена орденом Красного Знамени. В последующем в составе 50-й армии этого же фронта ее части участвовали в Белостокской наступательной операции, в ходе которой освободили г. Гродно и форсировали р. Неман. За эти бои дивизия была награждена орденом Кутузова 2-й степени (25.7.1944). Приказом по войскам 2-го Белорусского фронта от 14.9.1944 командир дивизии полковник А. А. Щенников за боевые отличия был награжден орденом Красного Знамени. С ноября 1944 по март 1945 г. находился на лечении в госпитале по болезни, затем состоял в распоряжении ГУК НКО. В конце марта 1945 г. направлен в распоряжение Военного совета 3-го Белорусского фронта, где и находился до конца войны. В период с 16 по 24 апреля временно командовал 182-й стрелковой дивизией