Мальтийский орден купил у французского короля Людовика XIV острова Сан-Кристоф, Сан-Бартеломеи, Сан-Мартин и Санта-Крус (Сен-Круа) в Карибском море. Рыцари успешно управляли этими островами, вернув им былое процветание. В дальнейшем Жан-Батист Кольбер, маркиз де Сейнелей, вынудил Орден в 1665 г. при неясных обстоятельствах уступить острова вновь организованной французской Вест-Индской компании.
Мальта становилась все более процветающим островом. К 1670 г. была расширена система фортификационных укреплений, построены новые форты и бастионы. Ла-Валлетта, Бирга и Сенглес составляли единый укрепленный мегаполис вокруг Большой гавани. В 1674 г. на Мальте, по некоторым данным, проживало уже около 50 тыс. жителей. В городах были воздвигнуты новые великолепные здания, открыты госпитали, академия, публичная библиотека, в которой насчитывалось свыше 900 000 уникальных рукописей и книг. Впоследствии она была вывезена Наполеоном и погибла с судном, на котором она находилась, близ Египта.
Благосостояние Мальты росло и за счет развития средиземноморский торговли во второй половине XVII и XVIII вв. Валлетта превратилась в транзитный порт товарного сообщения между Востоком и Западом, чему служили свидетельством товарные склады Пинто и де Рогана. В западном направлении поставлялись шелк, сухофрукты и оливковое масло, в обратном направлении шли поставки оружия и других товаров. Важной экспортной культурой стал хлопок. По мере того как росла торговая активность и увеличивалась численность населения островов, увеличивался объем административной загрузки правительства. С первых лет существования Ордена ход каждодневных дел контролировался Великим магистром, Великими офицерами и приглашенными персонами. В 1623 г. де Пауле учредил отдельный Государственный совет, в полномочия которого входили требующие все большего внимания международные и дипломатические отношения, чем Орден должен был заниматься в связи со своим положением на Мальте. Начиная со второй половины XVI в., все чаще практиковалось создание специализированных комитетов, или комиссий, таких, как комитет по галерам, функции которых распространялись на отдельные стороны административной деятельности.
Рыцари-госпитальеры ставились во главе этих комиссий, что расширяло их вовлечение в повседневные дела во второй половине периода правления Ордена. Комфортные условия двора Великого магистра, возможность вести подобающий аристократу образ жизни в небольшом независимом государстве были привлекательной перспективой для младших сыновей из семейств, которые обеспечивали госпитальеров кадрами на протяжении нескольких поколений.
Мальта превратилась в небольшую, но значимую фигуру на шахматной доске Европы. Все чаще папский престол и европейские правители пытались ввести в Орден своих ставленников. Это побуждало Великого магистра более твердо отстаивать свой суверенитет. Процедура инаугурации Великого магистра никогда не была похожа на коронацию. По избрании Великие магистры «представлялись» народу. Для этого случая были разработаны особые церемонии, проходившие в Мдине