К IV веку большинство эфесцев перешло в христианство, и в 401 году храм Артемиды был окончательно разрушен. Камень, из которого он был построен, пошел на строительство других зданий. Бóльшая часть его мраморных колонн была вывезена в Константинополь, чтобы быть использованными при строительстве Софийского собора.
Сейчас от величественного храма Артемиды Эфесской осталась только одна колонна, обнаруженная в ходе археологических раскопок в 1870 году. В результате длительных раскопок были обнаружены также плиты и скульптура Артемиды. Колонны поддерживали крышу помещения, в котором горел вечный священный огонь. Комнаты были сгруппированы вокруг священного очага. Перед зданием был устроен небольшой цветник. Входили в здание через второй двор, построенный в дорическом стиле.
Архитектурные и скульптурные фрагменты храма Артемиды, отдельные части фриза и другие мелкие находки, обнаруженные на месте храма, хранятся в Британском музее в Лондоне. В Стамбульском музее археологии и Эфесском музее выставлены ценные артефакты из золота и слоновой кости.
Эфес был местом многих важных событий в истории христианства. Город и его жители многократно упоминаются в Деяниях святых апостолов. Эфесская церковь также фигурирует в Откровении Иоанна Богослова как одна из семи церквей Апокалипсиса.
В Эфесе жили апостолы Иисуса Павел и Иоанн. Святой Павел пребывал в Эфесе на протяжении 5–6 лет и занимался религиозной деятельностью. Вместе с ним проповедовал его ученик, Тимофей, который впоследствии стал первым епископом Эфеса и основал Эфесскую архиепархию.
После распятия Иисуса в Иерусалиме обстановка среди населения была нестабильной. Был убит брат апостола Иоанна, и он решил покинуть Иудею. Между 37 и 48 годами подробная информация о жизни Иоанна отсутствует. Предполагают, что последние годы своей жизни святой Иоанн провел в Эфесе. Там он, как и другие апостолы, был занят распространением христианства и писал Евангелие в старой базилике, в которой и был похоронен. Местом его захоронения считают холм Аясолук.
С ранних периодов христианства базилика служила местом поклонения многих паломников. Однако в более поздний период она разрушилась из-за неблагоприятных климатических условий. По указу византийского императора Юстиниана I церковь была вновь отстроена, и вокруг нее поставили колонны. Базилика была двухэтажной с шестью большими и пятью малыми куполами, длиной 110 м. Купола были мозаичными и украшены фресковой росписью. Во время раскопок было обнаружено большое количество монет, датируемых I веком. Из этого следует, что могила апостола Иоанна и церковь его имени были местом постоянного паломничества.
Археологические раскопки обнаружили могилу Иоанна и пять других могил. Могилы расположены в форме креста, что, по мнению некоторых археологов, было осуществлено по желанию апостола Иоанна. Однако сделать окончательный вывод сложно, ибо бóльшая часть найденных здесь