поссорившись с Орденом Сантьяго по поводу Синиша, Васко да Гама вступил в ряды его конкурента – Ордена Христа.
Вскоре после возвращения из плавания в Индию Васко да Гама женился на Катарине ди Атаиди, дочери алкайда Алвора. Жена да Гама принадлежала к известной семье Алмейда, Франсишку ди Алмейда приходился ей двоюродным братом.
Второе плавание в Индию (1502–1503).
Сразу после открытия морского пути в Индию португальское королевство стало организовывать ежегодные экспедиции в Индию. Экспедиция 1500 года (2-я Индийская армада Португалии) возглавляемая Педру Алвариш Кабралом заключила торговый договор с заморином Каликута и основала там торговую факторию. Но португальцы поссорились с арабскими купцами Каликута, фактория была сожжена, и Кабрал отплыл из города, обстреляв его из пушек. Союз с Каликутом сменился войной.
Чтобы основать в Индии укрепления и подчинить страну, в 1502 году король Мануэл послал эскадру во главе с Васко да Гамой. Экспедиция включала двадцать судов, из которых адмирал Индийского океана располагал десятью; пять должны были препятствовать арабской морской торговле в Индийском океане, а ещё пять, под командой племянника адмирала, Эштевана да Гама, предназначались для охраны факторий. Экспедиция выступила 10 февраля 1502 года.
По пути Васко да Гама основал форты и фактории в Софале и Мозамбике, покорил арабского эмира Килвы и наложил на него дань. Начиная жестокими мерами борьбу с арабским судоходством, он приказал сжечь арабское судно со всеми пассажирами-паломниками у Малабарского берега.
Васко да Гама в последние годы жизни.
В октябре 1502 года флот прибыл в Каннанур. Местный раджа торжественно встретил португальцев и разрешил построить большую факторию. Загрузив суда пряностями, адмирал направился к Каликуту. Здесь он действовал решительно и жестоко. Несмотря на обещания заморина возместить убытки и сообщение об аресте виновников нападений на португальцев, адмирал захватил стоявшие в порту суда и обстрелял город, превратив его в развалины. Он приказал повесить на мачтах захваченных индийцев, отправил на берег заморину отрубленные у несчастных руки, ноги и головы, а тела выбросил за борт, чтобы их вынесло на берег. Через два дня Васко да Гама вновь обстрелял Каликут и принёс морю новые жертвы. Заморин бежал из разрушенного города. Оставив для блокады Каликута семь кораблей под командованием Висенте Содре, да Гама отправился в Кочин. Здесь он догрузил корабли и оставил в новой крепости гарнизон. Заморин с помощью арабских купцов собрал большую флотилию, которая 12 февраля 1503 года выступила навстречу португальцам, снова приближавшимся к Каликуту. Однако артиллерией кораблей лёгкие суда были обращены в бегство.
В октябре 1503 года Васко да Гама вернулся с успехом в Лиссабон. Король, довольный добычей, повысил пенсию адмиралу, однако серьёзного назначения честолюбивому моряку не дал. Только в 1519 году да Гама получил земельные владения и графский титул.
Между