закрепления отраслевых особенностей и принятия в 1995 году Федерального закона «О федеральном железнодорожном транспорте». [5]
Закон подтверждал особенности отрасли, в том числе функции МПС России по управлению эксплуатационной работой на сети железных дорог и регулированию экономических взаимоотношений между предприятиями отрасли, по решению общеотраслевых задач и созданию централизованных фондов и резервов, формированию доходов железных дорог от перевозок. Законом предусматривалось государственное регулирование тарифов на всей сети и сохранение предприятий отрасли в федеральной собственности. В законе за железной дорогой закреплялся статус основного государственного унитарного предприятия отрасли и устанавливались особенности ее расчетов с федеральным и региональными бюджетами.
Помимо МПС России, осуществлявшего управление отраслью с точки зрения ее содержательных функций, для предприятий железнодорожного транспорта, находящихся в федеральной собственности, важную роль играли органы исполнительной власти, обеспечивающие управление государственным имуществом (в настоящее время это Федеральное агентство по управлению государственным имуществом – Росимущество). Также, важное специальное значение для отрасли имели органы власти, отвечавшие за регулирование тарифов (в настоящее время – ФАС) и формировавшие общие подходы к индексации тарифов на товары и услуги инфраструктурных компаний на предстоящий плановый период – годичный или трехлетний (Минэкономразвития).
В развитие закона было принято постановление Правительства Российской Федерации от 22 мая 1996 года № 629, в соответствии с которым железные дороги на основе сводного баланса централизованно рассчитывались с федеральным бюджетом и бюджетами субъектов Российской Федерации по налогу на прибыль и налогу на добавленную стоимость за предприятия и подразделения, осуществляющие и обеспечивающие перевозочный процесс. По остальным видам налогов предприятия и подразделения рассчитывались самостоятельно по своим финансово-экономическим показателям.
В отличие от норм общего гражданского законодательства закон допускал, что в состав железной дороги (юридического лица) могли входить другие предприятия и учреждения, также являющиеся юридическими лицами. Сохранение такой системы юридического лица в юридическом лице, а также механизм централизованного распределения доходов от перевозок между железными дорогами и внутри железных дорог вызывало многочисленные споры и недопонимание, особенно с налоговыми органами и региональными и местными властями. В частности, в периоды убыточности (или низкой рентабельности) перевозок крайне негативно воспринималась ситуация, когда до линейного предприятия (юридического лица и налогоплательщика) спускался убыток от перевозок и нивелировал получаемую им прибыль от подсобно-вспомогательной и прочей деятельности и, соответственно, платежи в местные бюджеты.
Конечно,