Lo primero que intentaron los militares yugoslavos fue imponer el estado de excepción para impedir en último extremo el rearme de Eslovenia y Croacia. Así, hubo dos reuniones de la presidencia federal en Belgrado (días 9 y 25 de enero), en las que se ofrecieron pruebas de la actitud hostil y contraria a la federación de eslovenos y croatas. Incluso se aprovechó la segunda cita para pasar por televisión aquel vídeo comprometedor obtenido por los servicios de inteligencia, en el que se veía al ministro de Defensa croata intentando captar a un oficial para la rebelión. Sin embargo, la opción de Kadijević sobre la proclamación del estado de excepción fue bloqueada por los representantes croata, esloveno y bosnio, y al final los altos cargos militares no se atrevieron a dar el paso del golpe de Estado. La idea de mantener la unidad de la Yugoslavia de seis repúblicas parecía ya muerta, y ni siquiera la consideraba el propio Milošević, cada vez más interesado en una entidad estatal menor que en realidad fuera una Gran Serbia, incluyendo los territorios croatas y bosnios donde hubiera población serbia.
En estas circunstancias, la situación en la Krajina era cada vez más explosiva. Tuđman necesitaba imponer allí su autoridad, y cuando la noche del 1 de marzo los paramilitares serbios, pertrechados con armas de la reserva, se apoderaron de Pakrac y capturaron a los 16 policías croatas del puesto local, dio orden a sus fuerzas de desalojarlas. Se trataba de un pequeño municipio de la Eslavonia occidental con unos 27.500 habitantes, casi la mitad de ellos serbios. Al día siguiente, unos 200 policías de elite croatas, apoyados por vehículos blindados, recuperaron la población, capturando a 180 rebeldes, incluidos 32 policías serbios, y provocando la huida de los paramilitares hacia los bosques vecinos. El ya mencionado periódico serbio Večernje Novosti informaría falsamente de que las fuerzas croatas habían asesinado a unos 40 civiles serbios. En realidad, la operación solo costó tres heridos, pero provocó las iras del ejército federal, que recibió encantado órdenes del presidente federal, el serbio Borisav Jović, de poner orden en Pakrac. La intervención de soldados yugoslavos dejó la situación de Pakrac como estaba antes del incidente, aunque con la tensión a flor de piel. Posteriormente, estos incidentes serían considerados en Croacia como los primeros de la oficialmente llamada Guerra Patria (en croata, Domovinski rat), es decir, la lucha por la independencia. Pero las tensiones no solo tenían un carácter nacionalista y separatista. En la misma Serbia, Slobodan Milošević debía hacer frente a sus propios demonios y a la oposición a sus políticas. El principal partido de la oposición serbia era el Movimiento de Renovación Serbio, ultranacionalista y anticomunista fundado por el escritor Vuk Drašković y Vojislav Šešelj, un político ya mencionado que había colaborado brevemente con Milošević durante la crisis de Kosovo, y que luego crearía su propio Partido Radical Serbio. Contrarios al autoritarismo y al control de los medios de comunicación por parte del presidente serbio, el 9 de marzo organizaron una manifestación que acabó siendo prohibida. A pesar de todo, se concentraron en la plaza de la República de Belgrado hasta 40.000 personas, que acabaron brutalmente disueltas y con el saldo de dos muertos (un manifestante y un policía). Incluso se proclamó el estado de excepción, tuvo que intervenir el ejército, que se puso del lado de Milošević, y Drašković fue detenido, aunque no tardaría en ser liberado. Todo resultaba apocalíptico. Tres días después, el presidente serbio intentó conseguir la extensión del estado de excepción a todo el país, pero se encontró de nuevo con la oposición de los representantes a la presidencia federal, que votaron en contra gracias al rechazo manifestado por el delegado bosnio Bogić Bogićević.
Milošević tampoco estaba muy interesado en ceder el protagonismo a los militares yugoslavistas. Sabía y aceptaba que Eslovenia estaba irremisiblemente perdida, y sus ojos estaban puestos en Bosnia y Herzegovina. Una república que consideraba artificial y que deseaba controlar. Sino todo su territorio, al menos una buena parte de él, la que estaba habitada por los serbios y algo más que pudiera conquistarse. De ahí que pretendiera nada menos que llegar a un acuerdo discreto con su teórico enemigo, el croata Tuđman, destinado a repartirse aquel territorio.
El encuentro, en un principio secreto, se produjo el 25 de marzo en Karađorđevo, una antigua finca de caza creada por las autoridades austro-húngaras para la cría de caballos y que luego pasó a pertenecer a la casa real serbia y posteriormente al ejército. Próxima a la frontera con Croacia, era el lugar ideal para una reunión tranquila en el campo, lejos de testigos incómodos. Tuđman argumentó allí que Bosnia-Herzegovina debía formar parte de su república, pues estaba vinculada históricamente a Croacia, y que su existencia era fruto de los caprichos otomanos, de ahí que el presidente croata no veía viable una Bosnia independiente. Una segunda reunión se celebró en Tikveš (Croacia), otra reserva de caza, el 15 de abril. Es posible que en estos encuentros, de los que no queda documentación oficial, Tuđman se convenciera de que Serbia aceptaría la partición de Bosnia y Herzegovina a lo largo de una frontera serbo-croata, aunque después de las reuniones, Milošević, en un discurso en Belgrado, diera a conocer sus planes para la incorporación de la República Serbia de Krajina en la nueva Yugoslavia que estaba diseñando, lo que chocaba frontalmente con las aspiraciones croatas. El gobierno de Croacia negaría siempre el acuerdo de Karađorđevo, afirmando que en 1991 los serbios controlaban todo el ejército yugoslavo y la rebelión de la minoría serbia en Croacia durante la guerra de independencia croata acababa de empezar, pero está claro que algún tipo de pacto se produjo, independientemente de que más tarde no se cumpliera. Los testigos que años más tarde pasaron por el Tribunal Penal Internacional para la ex-Yugoslavia así lo confirmaron, afirmando incluso que en ambos encuentros se habló ya de intercambios de población (es decir, limpieza étnica) y de la posibilidad de aceptar un pequeño Estado tampón bosniomusulmán que acogiera a dos millones de personas que no se consideraran ni serbias ni croatas. De hecho, los serbios de Bosnia se estaban preparando a su vez para actuar militarmente como sus hermanos de Croacia, organizándose en torno a la localidad de Banja Luka (norte de Bosnia, cerca de la frontera croata). Su jefe, otro psiquiatra montenegrino llamado Radovan Karadžić, fundador en 1990 del Partido Democrático Serbio de Bosnia.
Puede que Tuđman también intentara un acuerdo con Milošević para evitar una confrontación directa con los serbios por la Krajina, pero está claro que aquí tampoco consiguió nada. Seis días después del encuentro de Karađorđevo se produjo un nuevo incidente en tierras croatas provocado por los serbios. El escenario elegido fue el hermoso parque natural de los lagos de Plitvice, en pleno centro de Croacia. Los serbios pretendían incorporarlo a la Krajina, y el 28 de marzo lo ocuparon 100 de sus efectivos paramilitares. La policía croata intervino tres días después desplazando 300 policías en autobuses y vehículos particulares, apoyados por un blindado, y el enfrentamiento se saldó con dos muertos (considerados los primeros de la guerra de Croacia), uno por cada bando, más veinte heridos (7 croatas y 13 serbios). Los croatas también capturaron a 29 rebeldes serbios, a los que acusarían de insurgentes. El ejército federal volvió a intervenir, separando a los contendientes y controlando la carretera que transitaba por la zona. Unos 400 turistas que visitaban el parque, en su mayoría italianos, tuvieron que ser evacuados. El dominio que acabó imponiendo el ejército federal significaba que virtualmente el lugar quedaba en manos de los serbios, lo que motivaría enérgicas protestas de las autoridades croatas.
Durante aquella primavera, las fuerzas paramilitares serbias se iban haciendo fuertes tanto en la Krajina como en Eslavonia, organizando continuos incidentes que ponían en jaque a la policía croata. Además, sus dirigentes fomentaban el separatismo mediante acciones como el referéndum del 16 de marzo, que decidió con un 99,8% de síes la incorporación del territorio a la república de Serbia. El 1 de abril, el gobierno de Knin proclamaba su intención de separarse de Croacia.
Pero también había croatas extremistas, muchos de ellos vinculados al partido ganador Unión Democrática Croata, deseosos de eliminar a sus opositores serbios. Así, el 8 de abril tuvo lugar un incidente peligroso en Borovo Selo, aldea del municipio de Vukovar (Eslavonia oriental), junto al Danubio. En el momento del suceso, en este municipio, que incluía la ciudad de Vukovar y una docena de aldeas aledañas, el censo de 1991 registraba 84.189 habitantes, de los cuales 36.910 eran croatas (43,8%), 31.445 serbios (37,4%), 1.375 húngaros (1,6%), 6.124 que se calificaban simplemente yugoslavos (7,3%) y 8.335 (9,9%) de otras etnias o no adscritos. En la ciudad, la población era mayoritariamente croata, mientras que la mayoría de la población serbia