El encargado de investigar el suceso, detener e interrogar a los detenidos fue el coronel general de los servicios secretos yugoslavos (conocidos como KOS, siglas de Kontraobavještajna služba o Servicio de contrainteligencia) Aleksandar Vasiljević, ya experto en estos asuntos tras colaborar en represión de los kosovares en 1981. Sus bravatas y amenazas provocaron la creación de un comité para la defensa de los derechos humanos al que se adhirieron cerca de cien mil voluntarios, que ejercieron toda la presión posible para defender a los acusados, incluso mediante manifestaciones públicas. Dicho comité acabaría cristalizando en enero del año siguiente en un partido político, la Unión Democrática Eslovena, meses antes ya de que la Liga de los Comunistas Eslovenos renunciara al monopolio político. Uno de sus fundadores fue el propio Janez Janša, liberado tras pasar seis meses en prisión.
Llegados a 1989, y como respuesta a las enmiendas constitucionales serbias, Eslovenia puso en marcha las suyas en septiembre de dicho año, aprobadas por su Parlamento el día 27. Al rechazar la preeminencia de las leyes federales sobre las propias, se abría un paso claro hacia la secesión. La tensión entre Serbia y Eslovenia aumentó notablemente, y Milošević inició una serie de tácticas intimidatorias. Él y sus partidarios de los gobiernos serbio y federal organizaron en diciembre acciones de protesta que fueron prohibidas por el gobierno esloveno. Los trenes procedentes de Serbia, cargados de potenciales manifestantes, fueron registrados mediante una activa tarea de la policía eslovena, que encontró colaboración en sus homólogos croatas. La respuesta serbia fue el boicot a los productos eslovenos y la interrupción de las relaciones económicas de 130 empresas serbias con la díscola república. Todo ello pasó bastante desapercibido en Europa, cuya atención estaba en asuntos como la caída del muro de Berlín o el fin de las dictaduras comunistas en países como Hungría, Polonia, Checoslovaquia o Rumanía.
Por fin, del 27 de septiembre, el Parlamento esloveno, ya desvinculado de su anterior ideología comunista, concedía vía libre legal a la existencia de otros partidos en su república. Además, en una enmienda a la Constitución de 1974, establecía el derecho de la república a separarse de Yugoslavia. Un intento de Milošević por organizar el 1 de diciembre en Liubliana una «manifestación de la verdad», en la que debían participar numerosos serbios y montenegrinos desplazados allí para desestabilizar al gobierno esloveno, fue neutralizada al prohibir este dicha manifestación y emplear a su policía para evitar que se llevara a cabo.
Las elecciones democráticas de 1990
En el marco de los profundos cambios que estaba viviendo la Europa del Este, donde los particos comunistas iban cayendo uno tras otro en sucesivas elecciones generales, a lo largo de 1990 las distintas repúblicas de Yugoslavia se aprestaron a celebrar sus primeros comicios democráticos y pluripartidistas, después de varias décadas de dictadura comunista. Un proceso iniciado en Eslovenia, donde la Liga de los Comunistas de la república pasó en febrero a llamarse Partido de la Renovación Democrática, y que constituyó una nueva vuelta de tuerca en el que la euforia nacionalista iba a estallar principalmente en esa misma república y su vecina Croacia.
Pero antes tuvo lugar el XIV Congreso extraordinario de la Liga de los Comunistas de Yugoslavia, planteado ya desde el verano de 1988 y que Milošević quería aprovechar para meter en cintura a los díscolos, confeccionar una nueva constitución a su medida y, si los eslovenos no aceptaban, invitarles a abandonar la federación. El congreso se inauguró en Belgrado el 20 de enero, y la delegación eslovena se presentó ciertamente inquieta, pero con propuestas muy claras como fueron: elecciones libres, separación entre Estado y Partido Comunista, aplicación estricta de la Constitución de 1974 para Kosovo, amnistía para los delitos políticos, etc. Al ser todas rechazadas gracias a las manipulaciones previas de Milošević, los eslovenos abandonaron ese mismo día el congreso. Y cuando parecía que el dirigente serbio podría imponer sus criterios al partido, y de esta forma, a una nueva Yugoslavia sin Eslovenia, los croatas hicieron causa común con sus vecinos eslovenos y dejaron también la asamblea. Por la noche, un congreso que debía durar tres días, se disolvió, lo que venía a significar la muerte del Partido Comunista de Yugoslavia y de su monopolio político, y el paso previo a que todas las repúblicas hicieran lo que consideraran conveniente.
En abril de 1990, los eslovenos eligieron presidente al excomunista Milan Kučan, aunque su nuevo Parlamento, salido de las primeras elecciones libres celebradas en el país, estaría dominado por la coalición reformista Demos (Oposición Democrática Eslovena), reformista, anticomunista, liberal y partidaria de la independencia. Aunque Kučan, junto con los croatas, propondría mantener una confederación laxa inspirada en la Comunidad Económica Europea, basada en la economía de mercado, el pluralismo político y el respeto a los derechos humanos, no aceptaba que preservar la unidad yugoslava tuviera que efectuarse por la fuerza. El rechazo por parte del gobierno federal de dicha confederación se materializó el 17 de mayo, cuando unidades del ejército procedieron a desarmar la Defensa Territorial en Eslovenia, Croacia y Bosnia. Pese a todo, el nuevo gobierno esloveno, temiendo la peor de las situaciones, lograría conservar una parte importante del armamento y crear en secreto su propia fuerza armada. En los meses sucesivos, y dada la situación de tensión que se estaba viviendo en Kosovo y Croacia, Eslovenia acabaría aceptando la secesión. De esta forma, el 23 de diciembre de aquel año, el referéndum celebrado ese día daba como resultado un 95% de respaldo a la independencia, con un 93,2% de participación.
En Kosovo continuaban las protestas de los albaneses. Esto dio lugar a una declaración de estado de emergencia en febrero de 1990, y la renuncia del gobierno autónomo, ahora pro-serbio, en mayo. En los dos meses anteriores, se produjo una hecho como mínimo sospechoso: miles de niños albaneses tuvieron que ser atendidos en hospitales por dolores de estómago y de cabeza, así como por náuseas. Procedían de colegios donde se había llevado a cabo la separación entre serbios y albaneses. Muchos observadores hablaron de histeria colectiva ante el rumor de que se trataba de un envenenamiento masivo, pero algunos análisis toxicológicos realizados en sangre y orina descubrieron restos de dos agentes nerviosos, sarín y tabún. El gobierno serbio promulgó además una serie de leyes que prohibían a los albaneses comprar o vender propiedades, suspendió el idioma albanés de los medios de comunicación y despidió a miles de empleados públicos. A finales de junio, los miembros albaneses de la asamblea provincial propusieron una votación para crear una república propia, y el presidente serbio de la asamblea inmediatamente la disolvió para evitar males mayores. En las calles se organizaron entonces referendos secesionistas improvisados, a lo que el gobierno serbio respondió en julio eliminando definitivamente la escasa autonomía que la provincia conservaba. En una espiral de acción-reacción, los diputados albaneses de la disuelta asamblea local proclamaron secretamente el 7 de septiembre, en Kačanik, la «República de Kosovo», elaborando una Constitución según la cual las leyes de Yugoslavia solo serían válidas si se compatibilizaban con dicho texto. Las autoridades serbias mantendrían en la provincia una actitud represiva que únicamente agravaría las cosas, despidiendo incluso al menos a 80.000 albaneses de sus trabajos. Los medios occidentales de entonces elevaron esa cifra a 123.000 trabajadores que se quedaron sin sus puestos, incluidos funcionarios, profesores, doctores y obreros de las industrias controladas por el gobierno. Algunos de los que no fueron despedidos renunciaron por solidaridad y se negaron a trabajar para el gobierno serbio. Aunque los despidos fueron ampliamente considerados como una purga de albaneses étnicos, el gobierno sostuvo que simplemente se estaba deshaciendo de viejos directores comunistas.
Mientras, Croacia vivía también su propio cambio político, acelerado, pluripartidista y cada más extremadamente nacionalista, de acuerdo con el ejemplo esloveno. Además, la violencia, propiciada por los medios de comunicación de las distintas repúblicas yugoslavas, que despreciaban y ridiculizaban a sus vecinos, se iba imponiendo en muchos sectores de la sociedad. Tal y como sucedió el 13 de mayo en la capital croata, donde iba a celebrarse un partido de fútbol entre el Dinamo de Zagreb y el Estrella Roja de Belgrado. Los choques entre estos dos equipos yugoslavos, habitualmente rivales en los puestos altos de la Liga del país, habían sido siempre de alto riesgo, pero esta vez el encuentro degeneró en violentos incidentes cuando los hinchas del Dinamo trataron de saltar las vallas hacia la zona del estadio donde se alojaban los del Estrella Roja. Rápidamente, estos comenzaron a lanzar