Scofield ist von der Unschuld seines Bruders Lincoln überzeugt und beschließt, ihn aus dem Gefängnis zu befreien. Da Scofield als Statiker am Umbau der Strafvollzugsanstalt mitgewirkt hat, kann er sich Zugang zu den Bauplänen verschaffen. Aufgrund deren Komplexität lässt er sie auf seinen gesamten Oberkörper tätowieren, versteckt in einer Vielzahl von Motiven. Nachdem er fast alle Beweise für seinen Plan zerstört hat, überfällt er halbherzig eine Bank, um seine Verurteilung zu erwirken und ebenfalls in das Fox-River-Gefängnis zu gelangen. Nach seiner Inhaftierung beginnt er, seinen Plan in die Tat umzusetzen, was sich jedoch als schwieriger herausstellt als ursprünglich geplant. Scofield bekommt unter anderem Probleme mit dem inhaftierten Ex-Mafiaboss John Abruzzi. Nachdem er diesen jedoch in seinen Plan einweiht, da Abruzzi Fluchtflugzeuge zur Verfügung stellen kann, arbeiten sie zusammen. Theodore Bagwell, Benjamin Miles Franklin und Scofields Zellenpartner Fernando Sucre müssen bald ebenfalls in den Plan eingeweiht werden. Auch der älteste Häftling des Gefängnisses, Flugzeugentführer Charles Westmoreland, wird in das Team aufgenommen, da er einen hohen Geldbetrag beisteuern kann.
Der einzig mögliche Fluchtweg führt durch die Krankenstation, doch das Gebäude, von dem der einzige Fluchtweg auszugehen scheint, ist der Aufenthaltsraum der Gefängniswärter. Um zu diesem Zugang zu erlangen, überredet Scofield Charles Westmoreland ein Feuer zu legen. Dies hat zur Folge, dass die Häftlinge, die der Arbeitsgruppe angehören, den Raum anschließend renovieren müssen. Von diesem Raum aus wird ein Loch zum unterirdischen Gang in Richtung der Krankenstation gegraben. Kurz bevor Lincoln hingerichtet werden soll, will das Team seinen Plan in die Tat umsetzen. Doch unmittelbar bevor der Fluchtversuch beginnen kann, schlägt Lincoln einen Wärter nieder, um die Aufdeckung des Planes zu verhindern. Als Strafe landet er in einem Bunker, was den Plan durcheinander wirft und eine Flucht für ihn unmöglich macht. Durch eine vorgetäuschte Lebensmittelvergiftung soll Lincoln doch noch in die Krankenstation kommen und zum Ausbruch-Team stoßen. Die Flucht wird jedoch dadurch vereitelt, dass der Zugang zur Krankenstation durch ein ausgetauschtes Wasserrohr plötzlich versperrt ist. Die Exekution scheint unumgänglich, doch eine Minute vor der Vollstreckung gewährt der Richter überraschend einen zweiwöchigen Aufschub. Scofield täuscht daraufhin einen Nervenzusammenbruch vor und kommt in die Psychiatrische Station des Gefängnisses, um von dort aus an einem alternativen Fluchtweg zu arbeiten.
Zeitgleich arbeitet die Anwältin und ehemalige Freundin Lincolns, Veronica Donovan, daran, die Verschwörung um den Mord auf rechtlichem Weg aufzudecken und somit die Hinrichtung zu verhindern. Nick Savrinn, ein Mitarbeiter von Project Justice, steht ihr dabei zur Seite. Die beiden decken Stück für Stück das Komplott um die Vizepräsidentin auf, finden aber keine handfesten Beweise.
Die beiden Spezialagenten Paul Kellerman und Hale, die zum Team um die Vizepräsidentin (der sogenannten Company) gehören, versuchen währenddessen die Aufdeckung des Komplotts um jeden Preis zu verhindern. Zusätzlich wollen sie unbedingt die Hinrichtung von Lincoln erwirken und erpressen unter anderem Gouverneur Frank Tancredi (den Vater der Gefängnisärztin Sara Tancredi) und Gefängnisdirektor Henry Pope. Schließlich findet ein Mordanschlag auf den Präsidenten statt, wodurch nun Reynolds dieses Amt bekleidet.
Sara Tancredi, die sich zu Scofield hingezogen fühlt, wird in den Fluchtplan eingeweiht. Sie lässt die Tür zur Krankenstation offen, wodurch schließlich insgesamt acht Häftlingen die Flucht gelingt. Währenddessen entdeckt die Anwältin Donovan, dass Terrence Steadman, der Mann, wegen dessen angeblicher Ermordung Lincoln Burrows zum Tode verurteilt wurde, noch am Leben ist.
Zweite Staffel
Die Zweite Staffel beginnt acht Stunden nach dem Ausbruch der insgesamt acht Häftlinge aus dem Fox-River-Gefängnis, die sich immer noch auf der Flucht befinden. Darunter befinden sich neben den Scofield-Brüdern Fernando Sucre, John Abruzzi, Benjamin Miles „C-Note“ Franklin, Theodore „T-Bag“ Bagwell, David „Tweener“ Apolskis und Charles „Haywire“ Patoshik. Neben der Polizei werden sie von den beiden ehemaligen Gefängniswärtern Bellick und Geary verfolgt, mit dem Interesse, das Kopfgeld zu kassieren, und von Special Agent Alexander Mahone, dessen wahre Absicht jedoch ist, die Flüchtlinge zu liquidieren. Dabei handelt er im Auftrag von Bill Kim, einer der Köpfe der Company, der dafür Mahones Familie als Druckmittel benutzt. Agent Paul Kellerman wird währenddessen beauftragt, Sara Tancredi zur Herausgabe von bestimmten Informationen zu bewegen und sie anschließend zu töten.
Burrows’ Entlastung wird durch die Ermordung Veronica Donovans verhindert, kurz nachdem sie festgestellt hat, dass Terrence Steadman noch lebt. Scofield und Burrows trennen sich später von den anderen Flüchtigen. Diese möchten zwar ihre eigenen Ziele verfolgen, treffen jedoch denselben Entschluss, nach Utah zu gelangen, um fünf Millionen US-Dollar zu holen, die Charles Westmoreland dort versteckt hat.
Scofield und Burrows schließen sich in Utah notgedrungen mit T-Bag und Tweener zusammen. Als sie den Verbleib des Geldes ausgemacht haben, stoßen Fernando Sucre und Benjamin Miles Franklin zu ihnen. Nach einem wirren Durcheinander schafft es T-Bag, mit den fünf Millionen US-Dollar zu fliehen. T-Bag wird im Haus seiner Exfreundin, welches jedoch inzwischen verlassen ist, von Bellick und Geary überwältigt. Sie nehmen ihm das Geld ab. Später gelangt T-Bag wieder mit Hilfe eines Peilsenders an das Geld und tötet schließlich Geary. Für diesen Mord wird jedoch Bellick verdächtigt. Er wird im Fox-River-State-Gefängnis, seinem alten Arbeitsplatz als Wärter, inhaftiert und bekommt dort ernsthafte Probleme mit den Häftlingen.
Mittlerweile sind David Apolskis und John Abruzzi vom FBI-Agenten Alexander Mahone erschossen worden. Später begeht Charles „Haywire“ Patoshik Selbstmord in Anwesenheit von Mahone.
Michael und Sucre gelingt es, einen Flug nach Mexiko in die Wege zu leiten. Dabei trifft Michael urplötzlich auf seinen Vater, der gemeinsam mit Lincoln am Treffpunkt erscheint. Schließlich taucht Mahone auf, der Michaels Vater erschießt. Scofield entschließt sich jedoch, sich zusammen mit seinem Bruder Lincoln auf die Suche nach Sara zu machen, sodass Fernando Sucre die Flucht mit dem Flugzeug alleine fortsetzt. Als Mahone bei einem Wiedertreffen die beiden Scofield-Brüder töten will, verhindert dies die Grenzpolizei. Die Brüder werden schließlich inhaftiert.
Währenddessen soll ein Kampfjet das Flugzeug mit Sucre an Bord abschießen. Sucre kann allerdings rechtzeitig abspringen und über Umwege zu seiner Freundin Maricruz gelangen.
Nachdem sich Sara Tancredi von Kellerman befreien konnte, bekommt Kellerman Schwierigkeiten mit seinem Auftraggeber Bill Kim. Kellerman soll nun zusammen mit Mahone die beiden Scofield-Brüder noch während des Gefangenentransportes töten.
Kellerman fühlt sich hintergangen und beendet die Zusammenarbeit mit der Company, schließlich wechselt er die Seite. Er bringt die Scofield-Brüder in Sicherheit und führt sie schließlich zu Terrence Steadman. Steadman begeht allerdings kurze Zeit später Selbstmord, seine Identität wird öffentlich nicht aufgedeckt. Währenddessen hat T-Bag seine Ex-Freundin aufgespürt, und die Frau von C-Note wurde verhaftet.
Mahone holt Bellick nach einiger Zeit aus dem Gefängnis, um mit ihm zusammenzuarbeiten. Sara misstraut Kellerman und ist besorgt, weil Michael und Lincoln mit ihm zusammenarbeiten. Nun sind sie aber auf dem Weg nach Chicago, um an einen USB-Stick mit einer aufgezeichneten Konversation zwischen Terrence und seiner Schwester Caroline, die die Unschuld von Lincoln beweisen soll, zu gelangen.
C-Note bietet Mahone einen Deal an: Gegen Freilassung seiner Frau und die Behandlung seiner kranken Tochter will er Mahone zu Michael Scofield führen. Mahone erklärt sich einverstanden, jedoch unter der Voraussetzung, dass Franklin in seiner Zelle Selbstmord begeht, was von einem Gefängniswärter jedoch verhindert wird.
Mit Hilfe des ehemaligen Gefängnisleiters des Fox-River-State Henry Pope gelangen Michael, Lincoln und Sara an den USB-Stick, der Lincolns Unschuld beweisen soll, und trennen sich anschließend von Paul Kellerman. Mahone bekommt den Auftrag, Scofield und Burrows zu töten.
Bei einem Empfang der ehemaligen Vize-Präsidentin Caroline Reynolds, die durch die Vergiftung des Präsidenten mittlerweile selbst zum Staatsoberhaupt der USA ernannt