1825 года Волконский неожиданно приехал в Умань. Он сообщил жене об аресте Пестеля, однако не объяснил, что случилось. Волконский увёз жену в имение её родителей в Киевской губернии Болтышку и «немедленно уехал». О событиях 14 декабря Мария Николаевна ничего не знала. Она родила сына Николая 2 января 1826 года и проболела около двух месяцев. Роды были тяжёлыми.
Раевские всё время болезни Марии скрывали от неё арест мужа, на все вопросы отвечая, что тот находится в Молдавии. Узнав о случившемся, Мария немедленно написала мужу в Петропавловскую крепость: «Я узнала о твоём аресте, милый друг. Я не позволяю себе отчаиваться… Какова бы ни была твоя судьба, я её разделю с тобой, я последую за тобой в Сибирь, на край света, если это понадобится, – не сомневайся в этом ни минуты, мой любимый Серж. Я разделю с тобой и тюрьму, если по приговору ты останешься в ней».
8 марта 1826 года она писала брату Александру: «…Не его [мужа] арест меня огорчает, не наказание, которое нас ожидает, но то, что он дал себя увлечь, и кому же? Низким из людей, презираемым его beau-père [тестем], его братьями и его женой…». Цитируя эти строки, О. Попова отмечает, что Мария восприняла неудачное начало своей семейной жизни как результат того, что Волконский был вынужден скрывать от неё правду.
Оправившись от последствий родов, вместе с сыном Николаем, Волконская отправилась в Петербург, чтобы увидеться с мужем. По дороге в столицу Мария остановилась в Белой Церкви у тётки отца, графини Браницкой (в её поместье «были хорошие врачи»), и оставила там ребёнка.
Александр Раевский, оставшийся в Петербурге следить за ходом следствия, постарался, чтобы до Марии доходила только часть информации: это было продиктовано и беспокойством членов семьи о состоянии её здоровья, и их желанием поскорее удалить её из столицы. О том, что брат перехватывал письма, адресованные ей, и препятствовал её встречам с родственниками других декабристов, Мария узнала значительно позже, уже живя в Сибири.
Александр добился разрешения на свидание сестры с мужем и в то же время просил Бенкендорфа поручить А. Орлову предварительно увидеться с С. Волконским и потребовать, чтобы тот не распространялся «о степени виновности, которая тяготеет над ним». Ему писала и мать Марии, просившая о «сдержанности», так как ослабевшая от болезни дочь могла «потерять рассудок».
В это же время в записке, которую ему удалось передать своей сестре Софье Григорьевне, С. Волконский сообщал, что некоторые из жён арестованных уже получили разрешение следовать за своими мужьями: «Выпадет ли мне это счастье, и неужели моя обожаемая жена откажет мне в этом утешении? Я не сомневаюсь в том, что она с своим добрым сердцем всем мне пожертвует, но я опасаюсь посторонних влияний, и её отдалили от всех вас, чтобы сильнее на неё действовать».
Супруги увиделись вечером 21 апреля на квартире коменданта Петропавловской крепости в присутствии