1807–1867 гг.) происходил из славного дворянского рода, он с детства хотел быть монахом, но по настоянию отца поступил в возрасте 15 лет учиться в военное учебное заведение – Инженерное училище в Петербурге, которое с успехом окончил. Служба его мало интересовала, все свои силы он отдавал литературному творчеству. Из военного училища он был выпущен инженер-прапорщиком, но по болезни вышел в отставку в чине поручика. Он получил от императора Николая I разрешение перейти в духовное звание, прошел послушание в ряде монастырей. В 24 года он принял постриг в Вологде с именем Игнатий. В 25 лет он был назначен настоятелем Пельшемского Лотова монастыря, в 26 лет был возведен в сан игумена, а в 27 лет – в сан архимандрита и назначен настоятелем Троице-Сергиевой пустыни (согласно желанию Николая I, который поручил ему сделать из пустыни образцовый монастырь), в 50 лет – епископом Ставрополя. В возрасте 54 лет, когда его здоровье резко ухудшилось, он ушел на покой и поселился в Николо-Бабаевском монастыре Костромской епархии, где и умер. Всю свою земную жизнь он упорно трудился на литературном поприще. Святитель Игнатий Брянчанинов оставил богатое литературно-богословское наследие, основанное на древних традициях Святого Православия. И. Брянчанинов был канонизирован, с 1988 г. его святые мощи покоятся в Толгском монастыре в Ярославской области.
Епископ Игнатий (Брянчанинов). Портрет второй пол. XIX в.
В 1857–1897 гг. настоятелем монастыря был архимандрит Игнатий (Иван Васильевич Малышев, 1811–1898), духовный сын Игнатия Брянчанинова (с 1833 г. его келейник, по его настоянию был отправлен на учебу в Академию художеств), церковный художник и публицист. В 1842 г. И.В. Малышев был пострижен в мантию, в 1844 г. принял священный сан, поддерживал живших в «пустыне» двух его братьев. Он окончил кроме Духовной академии Императорскую академию художеств, написал для церкви Воскресения этой пустыни более 70 икон, при нем в пустыни возвели 50 зданий, жили 46 (1867 г.) – 50 монахов. Отец Игнатий (Малышев) в сотрудничестве с архитектором А.А. Парландом создал Воскресенский собор, или «Спас-на-Крови» в Петербурге; архимандрит Игнатий составил программу и эскиз собора.
В 1854–1859 гг. по проекту арх. А.М. Горностаева построили новый Сергиевский храм (освящен в 1860 г.), вмещавший 2 тыс. человек. Около алтаря этого сохранившегося храма находится могила А.М. Горностаева. В 1857 г. была построена церковь во имя Святителя Григория Богослова (арх. А.И. Штакеншнейдер); она сохранилась до наших дней, в 1994 г. ее вернули верующим. Были возведены въездные ворота с часовнями и братский корпус с надвратным храмом Св. Саввы Стратилата (заложен в 1859 г. по проекту Горностаева). В 1866 г. старую церковь во имя апостола Иакова перестроили и освятили как храм Воскресения Христова; именно для него Игнатий Малышев написал иконы (этот собор снесли в 1950–1967 гг.).
В конце XIX – начале ХХ в. при пустыни действовали церковно-приходская школа для 60 мальчиков, приют для малолетних мальчиков на 15 человек, богадельня для 15–20 престарелых