И хотя в период правления Шаха Тахмасиба авторитет шаха упал, несмотря на попытки в это период моджтахедов восстановить бывшие свои права и влияния, они не смогли добиться этого.
Шах Аббас I, придя к власти, стал еще больше притеснять религиозных деятелей. Потому что, желая обладать властью единолично, он не хотел иметь такого сильного конкурента, как духовенство. Он заставлял даже проверять отношения, существовавшие между влиятельными религиозными деятелями, и умело использовал их в своих интересах. Этой же цели служило и выяснение отношений между известным ученым Мир Мухаммедбагиром Дамадом и другим известным ученым эпохи Шейхом Бахааддином Амили. Таким образом, подобное отношение Шаха Аббаса I к высокопоставленным религиозным деятелям дворца служило его желанию держать в стране всех духовных лиц под своим контролем. Однако в период правления Шаха Аббаса II и последующих Сефевидских шахов духовные лица пытались восстановить свой правовой статус и ослабить власть шаха. В этот период они хоть и частично, но достигли своей цели.
Разделение Шахом Аббасом II в 1642 году должности садарата на две части – хасс и мамалик, как это было в прошлом, также говорило об ослаблении мощи шаха. Однако политическую функция исполнял шейх уль-ислам. В период правления Шаха Солтана Гусейна политическая функция садра была возложена на моллабаши, новую религиозную должность. Значит, в новых условиях духовные лица стали восстанавливать свое бывшее влияние. Например, Мир Мамедбагир Меджлиси с 1684 года занимал должность шейх уль-ислама. После прихода к власти Шаха Султана Гусейна, то есть после 1694 года, он был назначен на новую должность – моллабаши и исполнял ее до конца своих дней. Таким образом, было бы неправильным однозначно оценивать роль религии в государственном строе Сефевидов и в управлении их государством. Во времена существования сильной шахской власти права и полномочия суфийской секты были ограниченными, а сами суфии играли незначительную роль в управлении государством. А при ослаблении шахской власти суфии заполняли эту пустоту и играли значительную роль в управлении государством. Роджер Сейвори пишет: «Интересно, что шиизм дважды имел сильное влияние – в первый раз при власти Шаха Исмаила, а во второй – накануне падения государства Сефевидов. Перед тем, как государство пало, шиизм восстановил прежние позиции, стали собираться шиитские хадисы. Шиитская секта провела внутри себя чистку. Шииты казнили, убивали дуалистов, безбожников, новаторов. Больше других пострадали суфии, которые в свое время привели Сефевидов к власти. Эти суфии когда-то с готовностью подчинялись бывшим их руководителями кямили-муршудам и не жалея собственных жизней, защищали их» (175, с. 233–234).
Несмотря на это до власти Шаха Исмаила II суфии все же пользовались в определенной степени доверием и влиянием. Организация суфиев, приведшая к власти Сефевидского правителя Шаха Исмаила I, сумела сохраниться на протяжении долгих лет потому, что Сефевидские шахи