Девять из десяти первых месяцев после рождения сына Семен провел в командировках в Афганистане. Сначала он учил летчиков генерала Дауда летать на МиГ-19 и Миг-21, а после апрельского переворота был советником при Мухаммеде Hyp Тараки. Когда на смену Тараки пришел Хафизулла Амин, отношения СССР и Афганистана несколько охладели, но зато, уже майор Титов, стал чаще бывать дома, с любимой семьей. Затем был мятеж в Герате, казни советников и специалистов, а через девять месяцев, в декабре 1979 года, советское правительство приняло решение о вводе наших вооруженных сил в Афганистан. 27 декабря советский спецназ провел стремительную атаку на президентский дворец в Кабуле, и, после свержения Амина, у власти был поставлен бывший заместитель премьер-министра Бабрак Кармаль. Началась война.
Семь долгих лет, вплоть до 1986 года, Семен регулярно выполнял интернациональный долг в составе Ограниченного контингента советских войск. А летом 86-го, при проведении разведывательного полета в районе города Джелалабада, уже после заявлений Михаила Горбачева о намерении вывести наши войска из Афганистана, МИГ-21-бис полковника Титова был подбит из американского переносного зенитно-ракетного комплекса «Стингер». Это было одно из первых применений Стингера против наших самолетов в Афганистане. И это было очень успешное применение.
Семен успел катапультироваться, но было ли это его удачей или наоборот проклятием – он сам до конца своих дней так и не решил. После катапультирования его, потерявшего сознание, захватили местные крестьяне и переправили родственникам, куда-то на восток, на границу с Пакистаном. С одной стороны, Семен был ценным пленником, за советского летчика можно было получить хорошие деньги от любой из сторон конфликта, хоть от русских, хоть от моджахедов. А с другой стороны, ненависть дремучих горцев к советскому специалисту, бомбившему их села, была столь велика, что поймавшее Титова семейство было вынуждено даже охранять его от своих же соплеменников. Круглосуточная охрана и трехметровая глубина зиндана, в котором держали Семена, не оставляла ни малейшего шанса на побег.
Один раз в день летчику кидали в яму одну или две треугольные лепешки наан, чаще всего уже высохшие и измазанные глиной. Несколько раз, судя по словам мальчишки-переводчика по пятницам, Семену давали миску тушеных овощей, в которой так же попадались комки глины. Один раз в день Семену спускали шаткую лестницу и он вылезал на поверхность. Ему давали десять минут на туалет, потом ставили на колени перед низким оружейным ящиком, привязывали вытянутые руки к торчащим деревяшкам и с ним начинали беседовать, настойчиво предлагая перейти в ислам. Несколько раз Семен начинал было сопротивляться, но заканчивалось это тем, что его избивали сначала палками, а затем ногами, и спускали по лесенке обратно в яму. Поэтому он перестал сопротивляться физически, а начал концентрироваться на внутреннем состоянии, пытаясь раствориться в своих мыслях, абстрагироваться от своего тела и от тех мучений, которым он подвергался.