Эта конспиративная работа преследовала исключительно политические цели и никак не была связана с разведывательной деятельностью Советской России против США. Однако в любой момент вместо содействия мировому революционному процессу нелегальные партийные органы КПА могли быть нацелены на оказание помощи колыбели мировой революции путем банального шпионажа.
Сам Коминтерн не был разведывательной организацией, однако он поддерживал тесные связи с советской разведкой. В рамках Коминтерна существовал Отдел международных связей (ОМС), который ведал оказанием финансовой помощи зарубежным компартиям и деятельностью заграничных эмиссаров Коминтерна. Многие американские коммунисты регулярно выполняли различные поручения ОМС, который среди прочего занимался вопросами тайной переброски своих агентов и денежных средств по всему миру, включая изготовление фальшивых паспортов, организацию явок и создание разветвленной сети шифрованной связи с Москвой. Курировала деятельность ОМС так называемая «Подпольная комиссия», в которую в основном входили руководители Коминтерна, однако помимо них туда обычно включался представитель внешней разведки КГБ. Например, в 1923 году в работе этой комиссии участвовал Михаил Трилиссер, в 1920-е годы возглавлявший внешнюю разведку КГБ. В мае 1923 года комиссия провела важное заседание по вопросу поддержания правильного баланса между легальной и подпольной работой американских коммунистов. После консультаций с Израэлем Амтером, представлявшим КПА в Коминтерне, комиссия отправила руководству КПА несколько директив, призванных расширить партийные возможности по ведению «секретной работы». Но прошло еще шесть лет, прежде чем главный печатный орган КПА «Дейли уокер» опубликовал официальное заявление о том, что «партия закончила все необходимые приготовления для перехода руководящих партийных органов на нелегальное положение».
Возглавил секретный аппарат КПА Иосиф Петерс. Еврей по национальности, он родился в Австро-Венгрии в семье рабочего. Во время Первой мировой войны Петерс проходил службу в австро-венгерской армии, в которой дослужился до офицера. В 1924 году он эмигрировал в США. Там Петерс вступил в КПА и в 1931 году был отправлен на стажировку в Москву. Оттуда он два года спустя вернулся обратно в США, где, согласно документам, сохранившимся в архиве Коминтерна, Центральный комитет КПА «поручил ему работу в секретном аппарате. Он проработал там до июня 1938 года».
Под руководством Петерса секретный аппарат занимался вопросами обеспечения партийной безопасности – своевременным обнаружением слежки со стороны полиции, разоблачением вражеских лазутчиков в партии и защитой партийного имущества, включая протоколы собраний и регистрационные документы членов партии, от конфискации. При Петерсе секретный аппарат также отвечал за подготовку к переходу компартии на нелегальное положение. Например, Петерс закупал и прятал в тайники типографское оборудование, предназначенное для печати