Сам Борис Годунов происходил из незнатного рода, был зятем Малюты Скуратова. Годунов получил боярский титул лишь после женитьбы царского наследника Федора на его родной сестре. Многие годы, проведенные при дворе Ивана Грозного, были для Бориса Годунова школой сложного искусства политики.
Иван Грозный оставил сыну непростое наследство: истощенное войнами и опричниной хозяйство, напряженные отношения с Речью Посполитой и Крымским ханством. Казна опустела, поэтому действие заповедных лет было продлено, пятилетний срок сыска беглых крестьян продолжался оставаться в силе.
В годы правления Федора Ивановича в условиях относительной политической стабильности экономика России стала преодолевать негативные последствия опричнины. Развернулось городское и сельское строительство, возникали новые города и села в Поволжье и Сибири. Каменный приказ вел работу по перестройке устаревших крепостных стен в Москве, Астрахани, Смоленске. В столице были возведены известняковые, обложенные кирпичем стены и 29 башен Белого города, а также дерево-земляная линия укреплений, охватившая весь город по обоим берегам Москвы-реки.
Крупным событием стало учреждение в России патриаршества. За полгода до этого в Москву прибыл константинопольский патриарх Иеремия. С его благословения на церковном Соборе 1589 г. и был избран первый русский патриарх, которым стал московский митрополит Иов. Учреждение патриаршества свидетельствовало о возросшем международном авторитете страны. Русская церковь не только перестала формально подчиняться Константинополю как его митрополия, но стала самым крупным в мире центром православия. Русский патриарх утверждался царем всея Руси.
В царствование Федора Ивановича были предприняты шаги к восстановлению позиций России в отношениях с Швецией и Речью Посполитой. Единственная при Федоре Ивановиче война с Швецией завершилась подписанием в мае 1595 г. Тявзинского мирного договора, по которому Россия вернула себе города Ивангород, Ниеншанц, Орешек (Шлиссельбург), Ям, Копорье и волость Корелу, часть побережья Балтики, правда, без гаваней. Это явилось серьезным успехом русской дипломатии. Выгодным для России стало заключение перемирия с Речью Посполитой, не оставлявшей своих притязаний на западные русские земли. Не увенчался успехом и поход крымского хана Казы-Гирея на Москву в 1591 г.
В 1591 г. произошло трагическое событие в Угличе, где после смерти Ивана Грозного жил со своей матерью его младший сын царевич Дмитрий. В мае 1591 г. он погиб при неясных обстоятельствах. Одни уверяли, что ребенок страдал падучей болезнью (эпилепсией) и припадок произошел во время игры «в тычку». Другие считали, что наследника убили. В этом случае подозрения падали прежде всего на Бориса Годунова, поскольку Дмитрий был главным препятствием на его пути к власти. Правительственная комиссия во главе с боярином В. И. Шуйским, направленная в Углич, подтвердила трагическую случайность гибели царевича Дмитрия.
7 января