Fakat kardeşi Tokat Emiri Rükneddin Süleyman Şah, ona karşı taht mücadelesi başlattı. I. Gıyâseddin’i Konya’da muhasara altına aldı ve Konya bu defa da Süleyman Şah’a karşı savunulamadı. I. Keyhüsrev şehri terk etmek zorunda kaldı. Dokuz sene süren sürgün hayatından sonra I. Gıyâseddin Keyhüsrev tekrar Konya’ya döndü ve yeğeni III. Kılıçarslan’ı tahttan indirerek ikinci defa Konya’da tahta oturdu.
I. Gıyâseddin Keyhüsrev ikinci defa tahta geçince Anadolu’yu dört idari bölgeye (meliklik) ayırdı. Denizli, Malatya, Tokat ve Erzurum bu idari bölgelerin yani melikliklerin merkeziydi. I. Gıyâseddin Keyhüsrev bu dört idari bölgedeki işleri Konya’dan takip etmekteydi. Böylece Konya’yı yeniden başkent konumuna getirdi. Onun oğlu I. İzzeddin Keykâvus bazı siyasi mülahazalarla başkenti Sivas’a almıştır. Bütün bu tecrübelerden dolayı I. Alâeddin Keykubad iktidara gelir gelmez ilk yaptığı iş Konya’nın savunma sistemini inşa etmek olmuştur. Alâeddin Keykubad şehri tahkim ettikten sonra Konya devletin değişmez başşehri olmuştur. Uluğ Sultan Alâeddin Keykubad’dan önce de birçok Selçuklu sultanı Konya’yı imar etmek için çalışmışlar, bazı eserler yapmışlardı. Fakat Konya’yı asıl imar eden ve onu modern bir şehir hâline getiren I. Keykubad olmuştur.
Alâeddin Keykubad tahta geçince Konya’nın dış hücumlara ve akınlara karşı savunma durumunun zayıf olduğunu müşahede etmiş, şehrin saldırılara karşı güvenliğini sağlamak maksadıyla bütün emirlerini görevlendirerek şehrin etrafına iç ve dış surlar olmak üzere iki sıra sur inşa etmiştir. Kaynaklarda 140 emirin bu işte görev aldıkları kaydedilmektedir.3 Bu surların inşası için emirler büyük harcamalar yapmışlardır. Çok sayıda sanatkâr, mimar ve mühendis istihdam edilmiştir. Bugünkü Alâeddin Tepesi’nin etrafını kucaklayan surlara “iç surlar” denir. Bu surların çok sayıda burç ve bedenleri bulunuyordu. Bu yüksek ve heybetli iç surlar arasındaki burçların üstünde şehre nazır köşkler bulunuyordu. Bir de Zindan Kale’den Atatürk Heykeli’ne, oradan Larende Caddesi’ne ve İstanbul Caddesi’ni takip ederek eski hapishanenin olduğu yere, oradan da Zindan Kale’ye kavuşan ikinci bir sur şebekesi vardı. Buna da “dış surlar” deniyordu. Şehre giriş ve çıkışı sağlayan 12 kapı vardı. Bu surların kapı kemerleri gayet yüksek ve gösterişliydi. Bu bölümlerde muhafız mahfilleri ve köşkler bulunuyordu. Sur duvarları muhtelif kabartma, resim ve heykellerle, yazılarla süslenmişti. Dış surların dış çevresinde derin bir hendek vardı.
Meram Deresi, Sille Çayı ve sel suları bu hendeğe bağlanarak ikinci bir savunma hattı oluşturulmuştu. Bu hendeğin kapılara rastlayan bölümlerinde birer köprü bulunmaktaydı.
Tariflere göre bugünkü Alâeddin Tepesi’ni kucaklayan iç surlar ve çevresi Halep Kalesi’ne benzemekteydi. Halep Kalesi orijinal özelliğini muhafaza etmektedir. Bu özelliği ve görkemliliği ile Konya’yı kuran, tahkim eden Sultan I. Alâeddin Keykubad olmuştur. Konya’nın imarında önemli hizmette bulunanlardan biri de Alâeddin Keykubad’ın atabeyi Emir Esedüddin Ayaz’dır. Bu zatın Gürcü asıllı olduğu anlaşılmaktadır.4 Şihabüddin Ömer es-Sühreverdi’nin ders halkalarında bulunmuştur. Bu yüzden Fütüvvet Teşkilatı’na mensup olduğu kuvvetle muhtemeldir. Bu yüzden kaynaklarda “Eş-Şihabî” nispet adıyla anılmaktadır. Alâeddin Cami’nin kuzey cephesindeki kitabelerde adı geçmektedir. Bu kitabelerden Emir Ayaz’ın saray mimarbaşı olduğu anlaşılmaktadır.
Şehrin merkezinde birbirinden güzel camiler, mescitler, medreseler, hanikâhlar, bedestenler, lüks evler, cadde ve sokaklar bulunuyordu. Bugün hükûmet binasının bulunduğu yer, Bedestenden Vakıflar Bankasının bulunduğu alanlara kadar olan yerler, çarşı ve alışveriş merkezleriydi. Bu yüzden şehrin bu bölgesinde muhtelif hanlar vardı. Şehrin sur dışında kalan kısımları bağlık bahçelik olup bu bahçeler arasında da mahalleler, bağ evleri, mescitler, medrese, tekke ve zaviyeler bulunmaktaydı. Ünsî Şehnâme’sinde Selçuklular zamanında Konya’da 360 zaviye, 70 hanikâh, 7 büyük caminin (Cuma Cami) yıldız gibi şehre dağıldığını 300 tane mescit bulunduğunu yazmaktadır.5 Mescitlerin 50-100 kişi alacak büyüklükte oldukları ve bu kişilerin haramları ve cami müdavimi olmayan çocukları bulunduğu düşünülürse o günün Konyası’nın 45-50 bin nüfuslu olduğunu tahmin etmek mümkündür. Keza cuma namazı kılınan 7 adet büyük cami bulunduğuna göre ki bu camilerden 3 tanesi bugün duruyor ve bu camilerde ikişer bin kişi namaz kıldığı hesabıyla gene de Konya’nın 45-50 bin nüfuslu bir şehir olduğu tahmin edilebilir.
Türkiye Selçukluları devrinde başta sultanlar olmak üzere devlet büyükleri, tacirler ve zengin insanlar, birtakım eserler inşa ederek şehrin imarına katkıda bulunuyorlardı. Bu insanlar kurdukları müesseseleri, kalıcı kılmak ve uzun ömürlü olmalarını sağlamak amacıyla sağlam vakıfnameler (vakfiye) düzenlemişlerdir. Bu vakıf müesseselerini kuranlar, Konya çevresinde mülkler edinmişler ve bu mülklerin icar ve hasılat gelirlerini kurdukları vakıf müesseselerine tahsis etmişlerdir. Mesela Vezir Kadı İzzeddin Kestel; Koşmar, Kadınhanı (Kadının Hanı), Divanlar gibi köylerin tamamına ve Kestel Akarsuyu’na sahip olmuş ve buraların gelirlerini bugünkü İmam Hatip Lisesinin bulunduğu yerde bulunan darüşşifaya (hastane), medrese, cami ve imarete Selçuklular zamanında Konya’da dinî ve fikrî hareketler vakfetmiştir. Sultan I. Alâeddin Keykubad’ın veziri Emir Ziyaüddin Kara Arslan, Karaman yolu üzerindeki Kara Arslan köyünün bütün gelirlerini türbesinin bulunduğu yerdeki Hanikâh-i Ziya’ya vakfetmiştir. Bunun gibi daha birçok zevatın Konya çevresinde mülkleri bulunmaktaydı. Çeşitli dönemlerde bu vakıfların gelirlerini arttırma cihetine gidildiği görülmektedir.
Sultan I. Alâeddin Keykubad Konya’nın iç ve dış surlarını inşa ettikten sonra şehir hızlı bir şekilde imar gördü. Bu yüzden İbn Bibi Konya’ya “Daru’l-Huzur” (Güvenli Şehir) demektedir. Şehir imar gördükçe dışarıdan nüfus da celbediyordu. Bunun sonucu olarak dış surların dışında da mahalleler oluşmaya başlamıştır. 1243 yılında başlayan Moğolların Anadolu’yu istilası sırasında Erzurum, Erzincan, Tokat, Sivas, Kayseri ve Malatya gibi Anadolu’nun birçok şehri Moğollar tarafından tahrip edildi. Konya böyle bir tahribata maruz kalmadı. Böylece bu mamur özelliğini XIII. asrın sonuna kadar muhafaza etti.
Selçuklu devri Konyası’nda bulunan hemen her hanikâh, tekke, bu hanikâh ve tekkenin yanı başındaki mescit ve zaviye belli bir fikir akımına veya belli bir tasavvufi meşrebe mensup insanlara hizmet vermekteydi. Belli bir dinî görüş ve düşünüşte olan insanlar ve tasavvufi zümreler bir veya birkaç hanikâh ve mescidin cemaatini oluşturmaktaydı. Şehirdeki mahalleler bu küçük ölçekli mescit, tekke ve hanikâhlar etrafında teşekkül etmekte ve yapılanmaktaydı. Bu küçük ölçekli mescitlerden başka Ünsî’nin de bildirdiği gibi Konya’da yedi tane de cuma namazı kılınan büyük cami vardı. Bu camiler bütün bu dinî ve tasavvufi zümreleri bir araya getiriyor ve birleştiricilik rolü oynuyordu. Dolayısıyla Selçuklu devri Konyası fikir akımları bakımından çok renkli ve çok sesli idi. Mesela Hanikâh-ı Ziya, Hanikâh-ı Lala, Hanikâh-ı Vezir Nasîrüddin, Ahi Gühertaş Zaviyesi, Uluırmak Mescidi vs. Ahilere ait idi. Ancak 1262’de Sultan IV. Kılıçarslan’ın çıkarttığı bir ferman ile bu müesseseler Ahilerden cebren alınarak Mevlana ve yakınlarına verilmiştir.6 Sadırlar Hanikâhı, Fakih Ahmed Hanikâhı Evhadilere mahsustu. Ahmedek Hanikâhı, Mağribliler Mescidi, Konya’ya yerleşmiş ve Maliki mezhebinden olan Mağriplilere ait idi.
Velhasıl Mevleviler, Bektaşiler, Kalenderîler, Ekberîler gibi her zümrenin Konya’da belli bir yerleri ve mahalleleri bulunuyordu. Moğollar Ahi ve Türkmenlere ait tekke ve hanikâhları müsadere yoluyla sahiplerinden alıp Kalenderîlere ve Mevlevilere